结论：工程款被别人收取后，公司是否有责任，这主要取决于具体情况，包括收款人的身份、公司的授权情况、以及是否存在过错等因素。以下是从不同角度进行的分析：
一、收款人身份与授权情况
公司员工或授权代表收款：
- 如果收款人是公司的员工或经过公司明确授权的代表，且其收款行为是在授权范围内进行的，那么公司通常需要承担责任。因为员工或授权代表的行为在法律上被视为公司的行为，公司应当对其行为后果负责。
非公司员工或未经授权收款：
- 如果收款人并非公司员工，也未经公司授权收款，那么公司原则上不需要承担责任。但这里存在例外情况，即如果公司存在过错，如未妥善保管公司印章、未及时撤销对已离职员工的授权等，导致收款人能够冒用公司名义收款，公司可能需要承担一定的过错责任。
二、公司过错与责任承担
公司存在过错：
- 如前所述，如果公司因管理不善、授权不当等原因导致工程款被他人收取，公司可能需要承担过错责任。这种责任可能包括赔偿因工程款被收取而给公司造成的损失，以及承担因收款人行为而引发的法律纠纷等。
公司无过错：
- 如果公司已经尽到了合理的管理和注意义务，如妥善保管公司印章、及时撤销对离职员工的授权等，且工程款被收取是由于收款人的欺诈、盗窃等违法行为导致的，那么公司通常不需要承担责任。但公司可能需要配合相关部门进行调查，并提供必要的证据和协助。
三、法律建议与后续行动
收集证据：
- 如果公司发现工程款被他人收取，应立即收集相关证据，如收款凭证、授权文件、公司印章使用记录等，以证明公司的立场和权益。
报警与法律诉讼：
- 如果收款行为涉嫌欺诈、盗窃等违法行为，公司应及时向公安机关报案，并考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据来证明自己的主张。
加强内部管理：
- 为避免类似情况再次发生，公司应加强内部管理，如完善授权制度、加强印章管理、定期对员工进行法律培训等，以提高公司的风险防范能力。
后续思考依据：在处理此类问题时，公司应首先明确收款人的身份和授权情况，然后评估公司是否存在过错，并根据具体情况采取相应的法律措施。如果公司不确定如何处理或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。