结论：针对您借用别人公司做工程，结果钱被公司拿走的情况，您可以通过协商、法律途径（包括提起诉讼或申请仲裁）以及向相关部门投诉等多种方式来维护自己的权益。以下是对这些方式的详细分析：
一、协商解决
尝试沟通：
- 首先，您可以尝试与借用公司进行友好沟通，明确表达您的诉求，即要求公司返还被拿走的工程款项。
- 在沟通过程中，您可以提供相关证据，如工程合同、付款记录等，以证明您的权益。
协商方案：
- 如果公司愿意协商，您可以与其共同商讨一个合理的还款方案，如分期还款、一次性还款等。
- 确保协商方案具有可操作性，并明确双方的权利和义务。
二、法律途径
提起诉讼：
- 如果协商无果，您可以考虑向法院提起诉讼，要求借用公司返还工程款项。
- 在提起诉讼前，您需要准备充分的证据，包括工程合同、付款记录、沟通记录等，以证明您的诉求。
- 诉讼过程中，您需要遵循法院的诉讼程序，如提交诉状、参加庭审等。
申请仲裁：
- 如果工程合同中约定了仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，您也可以选择向仲裁机构申请仲裁。
- 仲裁程序相对灵活，且仲裁裁决具有法律效力，可以强制执行。
三、向相关部门投诉
建设行政主管部门：
- 您可以向当地的建设行政主管部门投诉借用公司的行为，要求其进行调查并处理。
- 建设行政主管部门有权对借用资质、挂靠等违法行为进行处罚，并可能协助您追回工程款项。
市场监管部门：
- 如果借用公司存在欺诈、虚假宣传等违法行为，您也可以向市场监管部门投诉。
- 市场监管部门将依法对借用公司进行调查和处理，保护您的合法权益。
四、注意事项
保留证据：
- 在整个过程中，您需要保留好所有与工程相关的证据，如合同、付款记录、沟通记录等。
- 这些证据将是您维护权益的重要依据。
及时行动：
- 一旦发现工程款项被借用公司拿走，您应尽快采取行动，避免错过最佳的维权时机。
寻求专业帮助：
- 如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。作为专注于合同纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。
进一步思考：在处理此类纠纷时，除了上述法律途径外，您还可以考虑与借用公司进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。同时，您也应反思在借用公司资质进行工程时是否存在法律风险，并考虑在未来的工程中采取更加合规和稳健的方式。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。