针对您提出的“挂靠资质回来工程款被公司拿走了怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、立即行动与证据收集
首先，您需要迅速且全面地收集相关证据，这是后续维权的基础。具体包括：
- 合同文件：找出您与挂靠公司签订的挂靠协议，以及与发包方签订的工程承包合同。这些合同将明确双方的权利义务，特别是工程款支付的相关条款。
- 资金往来记录：整理所有与工程款相关的银行转账记录、收款凭证、付款申请单等。这些记录将证明工程款的流向和被挪用的具体金额。
- 沟通记录：保存与挂靠公司的所有沟通记录，包括电话录音、短信、微信聊天记录、电子邮件等。特别是那些对方承认挪用或涉及款项去向的内容，将是非常重要的证据。
- 其他相关证据：如财务报表、工程进度报告、验收文件等，这些证据将证明您已按约完成工程任务，且工程款被不当挪用。
二、与挂靠公司协商
在收集好证据后，您应尽快与挂靠公司进行正式沟通：
- 正式沟通：通过面谈或发送正式函件的方式，与挂靠公司明确说明工程款被挪用的情况，并要求其说明挪用原因。
- 提出归还要求：在沟通中，您应明确提出归还工程款的要求，并限定合理的归还期限。同时，做好沟通记录，以备后续使用。
- 协商解决方案：如果可能，尝试与挂靠公司协商分期还款等解决方案，并形成书面协议，明确还款细节，双方签字盖章确认。
三、寻求监管部门帮助
若与挂靠公司协商无果，您可以向相关监管部门反映情况：
- 建设行政主管部门：向当地住房和城乡建设局等部门投诉，请求其对建筑市场的违规行为进行查处。这些部门有权对挂靠公司的违法行为进行调查和处理。
- 劳动监察部门：如果因工程款被挪用导致农民工工资无法支付，您还可以向劳动监察部门举报，以保障农民工的合法权益。
四、法律途径维权
如果上述措施均未能奏效，您应果断采取法律手段维护自身权益：
- 发送律师函：委托专业律师向挂靠公司发送律师函，告知其挪用行为的违法性和可能面临的法律后果，要求其限期归还工程款。
- 提起民事诉讼：向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求挂靠公司返还被挪用的工程款及利息损失。在诉讼过程中，您可以申请财产保全，防止挂靠公司转移财产。
- 刑事报案：如果有证据证明挂靠公司的挪用行为构成刑事犯罪（如挪用资金罪），您应向公安机关报案，追究其刑事责任。
五、注意事项与预防措施
- 及时行动：一旦发现工程款被挪用，应立即采取措施，以免错过最佳维权时机。
- 咨询专业律师：在整个维权过程中，咨询专业律师至关重要。律师可以提供专业的法律分析和策略建议，帮助您制定合适的维权方案。
- 保持冷静理性：面对问题应保持冷静和理性，依法依规进行维权，避免采取过激行为。
- 预防类似事件：在未来的合作中，您应严格审查挂靠公司的资质和信誉状况，签订详细的合作协议，并加强沟通与协作，及时了解项目进展情况和资金使用情况，以预防类似事件再次发生。
综上所述，面对工程款被挂靠公司挪用的问题，您应采取综合措施进行维权，确保自身合法权益得到有效保护。希望这些建议能对您有所帮助。