关于公司使用个人账户转账发工资的合法性，这确实是一个需要细致分析的问题。首先，我们可以明确地说，在大多数情况下，公司使用个人账户转账发工资并不符合法律规范要求，且存在多方面的法律风险。
合法性分析
税务合规性：
- 使用个人账户转账发工资，可能涉及隐瞒员工真实收入，从而逃避缴纳个人所得税及企业所得税等税款。这种行为违反了《中华人民共和国税收征收管理法》，构成偷税漏税，将面临税务机关的追缴、滞纳金及罚款，甚至可能承担刑事责任。
- 税务机关难以准确掌握企业工资支出情况，影响税务监管的有效性，可能导致税务征管漏洞，扰乱国家税收秩序。
劳动权益保障：
- 在劳动争议中，个人转账记录相较于公司对公账户转账记录的证明力较弱。这可能导致员工在主张未足额支付工资、加班工资等争议时面临举证困难。
- 使用个人账户转账可能被用于规避劳动法律法规监管，如降低用工成本、逃避社会保险费缴纳等。根据《中华人民共和国劳动法》，用人单位低于最低工资标准支付工资或逃避社保缴费，将面临劳动行政部门的处罚。
财务管理制度：
- 企业财务制度和会计准则要求资金往来应通过对公账户进行，以保证财务透明度和规范性。使用个人账户发工资可能导致企业财务账目混乱，难以进行有效的财务管理和审计监督，违反了《中华人民共和国会计法》等相关法律法规。
特殊情况下的合法性
尽管在大多数情况下使用个人账户转账发工资是不合法的，但也存在一些特殊情况：
- 小型企业或个体工商户的临时操作：对于经营规模小、人员少的小型企业或个体工商户，在财务制度不够完善的情况下，如果企业主使用个人账户给员工发放工资，并按照规定代扣代缴个人所得税，如实进行财务记录和税务申报，且这种操作是临时的、非长期的，可能被视为合法。但这种情况并不被鼓励，且应尽快完善财务制度，使用对公账户进行工资发放。
- 特殊情况下的临时安排：如遇银行账户被冻结、系统故障等特殊情况，企业为确保员工工资按时发放，可能会临时采用个人账户转账。但这种情况必须事后及时恢复正常的工资发放渠道，并做好相关财务处理和税务申报。
合规建议
为了避免不必要的法律风险和纠纷，我建议公司：
- 采用正规途径发放工资：优先使用银行转账等正规途径发放工资，确保工资支付的安全、便捷和可追溯性。
- 完善财务制度：建立健全财务制度，确保工资发放流程合规，避免使用个人账户进行工资支付。
- 加强税务申报：依法履行纳税义务，按照税法规定进行税务申报和缴纳，避免逃税行为。
- 保障员工权益：尊重并保障员工的合法权益，确保工资按时足额支付，避免损害员工利益的行为。
综上所述，公司使用个人账户转账发工资在大多数情况下是不合法的，且存在多方面的法律风险。为了确保公司运营的合法合规和员工权益的有效保障，我建议公司务必谨慎对待工资发放问题，尽量采用正规途径进行工资发放。