结论前置：主债权转让后，违约金条款原则上会一并转让给新的债权人，但这一原则受当事人意思自治原则的约束，即如果原债权人和债务人之间有特别约定，明确排除违约金条款的转让，则按照该约定执行。

法律依据与分析

1. 债权转让的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十五条，债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，但有几种例外情形，如根据债权性质不得转让、按照当事人约定不得转让或依照法律规定不得转让的债权。在主债权转让的情况下，除非存在上述例外，否则债权是可以依法进行转让的。

2. 从权利的转移：

   • 《民法典》第五百四十七条规定，债权人转让债权的，受让人取得与债权有关的从权利，但是该从权利专属于债权人自身的除外。违约金作为基于主债权而产生的从权利，在主债权转让时，原则上应一并转让给新的债权人。

3. 当事人意思自治原则：

   • 虽然违约金条款原则上会随主债权一并转让，但如果原债权人和债务人之间有特别约定，明确排除违约金条款的转让，那么应遵循当事人的意思自治原则，按照该约定执行。这体现了民法中尊重当事人自由意志的基本原则。

4. 实际操作建议：

   • 为避免纠纷，建议在债权转让协议中明确约定违约金条款的处理方式，确保双方的权益得到明确保障。如果协议中未明确约定，则需要根据交易习惯、公平原则以及双方当事人的意愿等因素进行综合判断。

示例说明

以甲公司向乙公司借款并约定违约金的案例为例：甲公司向乙公司借款100万元，并约定若甲公司逾期还款，需按照未还款金额的每日万分之五支付违约金。之后，乙公司将该债权转让给丙公司。在这种情况下，如果合同中没有特别约定排除违约金的转让，那么一旦甲公司逾期还款，丙公司作为新的债权人有权要求甲公司支付原合同中约定的违约金。这是因为违约金作为与主债权相关的从权利，已随着主债权的转让而一并转让给了丙公司。

特殊情况的处理

• 违约金条款的专属性：如果违约金条款具有特定人身属性，与原债权人的身份、技能、信誉等紧密相连，专属于原债权人自身，那么这种情况下违约金条款可能不随主债权一并转让给新的债权人。但在实践中，这种情况较为少见。
• 合同中的特别约定：如果原债权人和债务人在合同中明确约定了违约金条款不得转让或有限制条件的情况，这些约定应当得到遵守。在这种情况下，新的债权人将无法主张违约金条款。

总结与建议

综上所述，主债权转让后，违约金条款原则上会一并转让给新的债权人。但为确保双方权益，建议在债权转让协议中明确约定违约金条款的处理方式。如果在实际操作中遇到任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。