核心结论：个人占用集体土地种玉米45年，属于长期占用集体土地的行为，可能涉及土地权属争议、违法占地、合同效力（如有约定）等多方面法律问题，需根据具体情况采取不同处理方式。以下是具体分析：
1. 确认土地权属与占用性质
- 权属核查：首先需确认该土地是否确实属于集体所有（如通过土地权属证书、政府登记档案等）。若土地权属存在争议（如个人主张通过继承、赠与等方式取得），需先通过行政确权程序（向当地自然资源部门申请）或民事诉讼（如确权之诉）明确权属。
- 占用性质：若土地确属集体所有，需进一步判断占用行为是否合法：
- 合法占用：若占用行为基于集体经济组织同意（如签订承包合同、租赁合同等），且合同内容合法（如符合《农村土地承包法》《土地管理法》关于期限、用途等规定），则占用行为可能受法律保护，但需注意合同期限是否已届满或是否存在其他终止情形。
- 违法占用：若未经集体经济组织同意，或虽签订合同但合同无效（如违反法律强制性规定、恶意串通损害集体利益等），则占用行为可能构成违法占地，需承担相应法律责任。
2. 处理方式选择
- 若占用行为合法且合同未终止：
- 继续履行合同：若合同期限未届满且无其他终止情形，可继续按合同约定使用土地，但需注意合同到期后的处理（如续签、返还土地等）。
- 协商变更或终止合同：若因客观情况变化（如集体规划调整、土地征收等）需提前终止合同，可与集体经济组织协商变更或终止合同，并就补偿事宜达成一致。
- 若占用行为违法或合同无效：
- 返还土地：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。因此，集体经济组织有权要求返还土地。
- 赔偿损失：若占用行为给集体造成损失（如土地肥力下降、无法按原用途使用等），集体可要求赔偿实际损失。
- 行政处罚：若占用行为违反《土地管理法》等规定，可能面临罚款、拆除地上附着物等行政处罚。
- 若存在历史遗留问题：
- 协商解决：考虑到占用时间长达45年，可能存在历史原因（如政策变动、集体经济组织管理不善等），建议优先通过协商方式解决，如签订补偿协议、给予一定经济补偿后返还土地等。
- 行政调解或仲裁：若协商不成，可申请当地政府或农村土地承包仲裁委员会调解或仲裁。
- 诉讼解决：若其他方式无法解决，可向法院提起民事诉讼（如返还原物之诉、侵权之诉等）或行政诉讼（如对行政处罚不服等）。
3. 注意事项
- 证据收集：无论采取何种处理方式，均需收集相关证据（如土地权属证书、合同、占用期间的投入证明、集体经济组织同意的书面材料等），以支持自己的主张。
- 法律程序：若涉及行政确权、行政处罚、诉讼等程序，需严格遵守法定时限和程序要求，避免因程序瑕疵导致不利后果。
- 合理补偿：若需返还土地，可与集体经济组织协商合理补偿方案（如对地上附着物、青苗等给予补偿），以减少损失。
建议：鉴于占用时间较长且涉及法律关系复杂，建议尽快咨询专业律师，对土地权属、占用性质、合同效力等进行全面评估，并制定具体处理方案。如有进一步问题，可直接向我咨询。