当公司进入破产重整程序但仍欠您款项时，您作为债权人的权益会通过法律程序得到一定保障，但具体处理方式需结合破产重整的阶段和规则进行。以下是详细说明：

1. 及时申报债权
   根据《企业破产法》第45条，法院受理破产申请后，会确定债权申报期限（通常为30日至3个月）。您需在此期限内向管理人提交债权申报材料，包括合同、发票、付款记录等证据。未申报的债权将无法在重整程序中受偿，这是保障权益的第一步。

2. 参与债权人会议并行使表决权
   在重整计划草案制定阶段，您作为债权人有权参加债权人会议，对重整计划进行表决。若您属于普通债权组，需关注重整计划是否对同类债权公平对待。根据《企业破产法》第85条，重整计划需经各表决组通过，且普通债权所获清偿比例不得低于破产清算程序中的预期比例。

3. 监督重整计划执行
   若重整计划通过，公司需按计划分期偿还债务。您可要求管理人定期披露还款进度，若公司未按计划履行（如未按时支付款项），您可依据《企业破产法》第93条，向法院申请终止重整计划执行，并宣告公司破产。此时，您的债权将按破产清算程序受偿（但清偿率可能低于重整计划）。

4. 特殊情形下的优先权

   • 若您的债权属于职工工资、社保、税款等优先债权，根据《企业破产法》第82条，您将在重整计划中优先受偿。
     
   • 若您对债务人特定财产享有抵押权、质权等担保物权，可依据《企业破产法》第85条，就担保财产优先受偿，未受偿部分转为普通债权。

5. 重整失败后的处理
   若重整计划未通过或公司未执行重整计划，法院将裁定终止重整程序，宣告公司破产。此时，您的债权将按《企业破产法》第113条规定的清偿顺序受偿：

   1. 破产费用和共益债务；
      
   2. 职工债权（工资、社保等）；
      
   3. 税款；
      
   4. 普通债权（按比例清偿）。
      若公司财产不足以清偿全部债务，普通债权的清偿率可能较低，甚至为零。

建议行动：

• 立即整理债权证据，在申报期限内提交管理人；
  
• 关注重整计划草案内容，必要时联合其他债权人提出修改意见；
  
• 若发现公司转移财产或虚假重整，及时向管理人或法院举报。
  

破产重整程序复杂，具体操作需结合公司资产状况和重整计划细节。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况进一步分析。