在公司破产重整的过程中，如果发现股东欠公司借款，处理这个问题需要遵循一定的法律程序和原则。以下是对这一问题的详细解答：
首先，要明确股东借款的性质和合法性。如果股东借款是真实存在的，并且有充分的合同、凭据等证据来证明其合法性，那么这笔借款在破产重整过程中应当被视为普通债权。
接下来，按照破产法的相关规定，这些普通债权将会按照特定的清偿顺序进行偿还。根据《中华人民共和国企业破产法》，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，会按照以下顺序进行清偿：
如果破产财产不足以清偿同一顺序的所有债权，那么这些债权将会按照比例进行分配。
另外，如果股东借款存在虚构债务、恶意逃避债务等不法行为，那么这笔借款很可能不会被确认为合法债务。在这种情况下，股东不仅无法获得清偿，还可能面临法律责任。
此外，如果破产企业的股东存在出资不实或抽逃出资等违法行为，导致公司资产无法完全清偿债务，债权人还有权对该股东提起诉讼，要求其在出资额度内承担相应的连带责任。
综上所述，处理破产重整中发现的股东欠公司借款问题，需要依据借款的真实性和合法性进行评估，并按照破产法的相关规定进行清偿。同时，对于存在不法行为的股东，法律也将会给予相应的制裁。