结论：综合执法部门是否有权认定违章建筑，需根据具体情况和地方性法规来判断。一般来说，在部分地方通过立法授权的情况下，城市管理综合行政执法部门（城管）可以集中行使对违章建筑的处罚权，包括认定违章建筑，但这并非绝对，还需结合具体法律法规和地方政策来综合判断。
分析说明：
违章建筑的认定主体：
- 违章建筑的认定和拆除工作涉及多个国家机关，主要包括城乡规划主管部门、乡（镇）人民政府、自然资源部门以及城市管理综合行政执法部门等。
- 城乡规划主管部门负责城市、镇规划区内的违章建筑认定；乡、镇人民政府负责乡村规划区内的违章建筑认定；自然资源部门负责监管土地使用情况，对非法占用土地的建设行为进行认定和查处；城市管理综合行政执法部门（城管）在部分地方通过立法授权后，可以集中行使对违章建筑的处罚权，包括认定违章建筑。
综合执法部门的权限：
- 综合执法部门，如城市管理综合行政执法部门，其权限通常来源于地方性法规或规章的授权。这些授权可能包括对违章建筑的巡查、认定和处罚等权力。
- 然而，并非所有地方的综合执法部门都拥有认定违章建筑的权力。这取决于当地的具体法律法规和政策规定。因此，在没有明确的地方性法规或规章授权的情况下，综合执法部门可能无权直接认定违章建筑。
认定违章建筑的标准：
- 违章建筑的认定主要基于一系列标准，如未经批准在集体土地上新建的建筑物、未取得建设工程规划许可证或未按批准范围施工的建筑物等。
- 这些标准适用于所有认定主体，包括综合执法部门（在获得授权的情况下）。综合执法部门在认定违章建筑时，也需遵循这些标准。
法律建议：
- 如果您面临综合执法部门认定违章建筑的情况，首先应确认该部门是否获得了地方性法规或规章的明确授权。
- 如果综合执法部门确实拥有认定违章建筑的权力，您应了解其认定的具体依据和标准，并评估自己的建筑是否确实符合违章建筑的定义。
- 如果您对综合执法部门的认定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
后续行动：
- 如果您需要更具体的法律帮助，如了解当地综合执法部门的权限、违章建筑的认定标准或如何应对综合执法部门的认定等，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供专业的法律意见和帮助。