关于您提出的“二次入职有没有试用期”的问题，这是一个涉及劳动法规定的重要议题。以下是我根据相关法律法规为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条第二款的规定：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这一条款是处理此类问题的核心依据。

接下来，我们分析您提到的具体情况：员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位，且两个岗位的职责和层级完全不同。尽管岗位发生了变化，但根据《劳动合同法》的明确规定，同一用人单位与同一劳动者之间的试用期约定是唯一的，不受岗位变化、离职时间等因素的影响。

此外，您提到的《劳动部关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和原劳动部办公厅《关于〈劳动法〉若干条文的说明》中，虽然有关于不同岗位可重新约定试用期的表述，但这些规定与《劳动合同法》存在不一致之处。在这种情况下，我们应当遵循上位法优于下位法、新法优于旧法的原则，即适用《劳动合同法》的相关规定。

因此，结合上述分析，我们可以得出结论：无论员工二次入职的岗位是否发生变化，同一用人单位与同一劳动者都只能约定一次试用期。所以，在您描述的情况下，公司不得在该员工第二次入职时再次约定试用期。

希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律法规，并在实际工作中正确应用。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。