行政事业单位长期异地借调差旅费的处理需结合单位内部财务制度、差旅费管理办法及财政部门规定，具体处理方式如下：

1. 差旅费报销范围与标准
   根据《中央和国家机关差旅费管理办法》及地方财政部门相关规定，差旅费通常包括城市间交通费、住宿费、伙食补助费和市内交通费。若借调人员因工作需要长期异地工作（一般超过30天），需区分以下情况：

   • 短期借调（≤30天）：按正常差旅费标准报销，需提供完整票据（如交通票、住宿发票）及借调单位出具的出差证明。
     
   • 长期借调（＞30天）：部分地区规定超过一定期限后，住宿费可能按包干方式处理（如按月定额补助），或需借调单位与派出单位协商明确费用承担方。例如，部分省份规定长期借调人员住宿费由借调单位承担或按当地标准补贴。

2. 费用承担主体

   • 派出单位承担：若借调属于行政命令或单位间协作（如上级单位抽调），通常由派出单位按差旅费标准报销，但需借调单位出具工作证明及费用说明。
     
   • 借调单位承担：若借调基于双方协议（如项目合作），且协议明确费用由借调单位承担，则按协议执行，但需符合财政部门对差旅费的管理要求（如不得超标准、需提供合规票据）。
     
   • 共同承担：部分情况下，派出单位与借调单位可能按比例分担费用，需通过书面协议明确。

3. 审批与票据要求

   • 审批流程：需经派出单位分管领导审批，并附借调通知、工作证明、费用明细等材料。长期借调可能需定期（如每季度）汇总报销。
     
   • 票据合规性：交通费需提供实名制票据，住宿费需提供增值税专用发票（若单位要求），伙食补助和市内交通费一般按标准发放，无需票据。
     
   • 特殊情况：若借调地无住宿条件（如工地驻场），需借调单位出具证明，可按标准发放住宿补助或实报实销。

4. 税务处理

   • 个人所得税：根据《个人所得税法》，差旅费津贴（如伙食补助、市内交通费）若符合当地标准且未超过规定限额，免征个人所得税；超标部分需并入工资薪金纳税。
     
   • 增值税：住宿费若取得增值税专用发票，单位可按规定抵扣进项税额（需符合单位纳税人身份及用途要求）。

5. 合规风险防范

   • 超标准报销：严禁虚报、冒领差旅费，或通过拆分票据、虚构行程等方式套取资金，否则可能涉及贪污或违反财经纪律。
     
   • 协议不明确：若借调协议未明确费用承担方，可能导致派出单位与借调单位互相推诿，建议提前书面约定。
     
   • 长期借调定性：若借调期限过长（如超过1年），可能被认定为“人事关系变动”，需按调动程序处理，差旅费标准可能不再适用。

建议：行政事业单位应制定内部借调差旅费细则，明确长期借调的费用承担、报销流程及审批权限，并定期与借调单位核对费用。若涉及跨地区借调，需优先遵循借调地财政部门的具体规定。如有复杂情形（如涉外借调、项目专项经费等），可进一步提供细节后针对性分析。