在宠物运输过程中，如果发现有来历不明的宠物，责任追究需根据具体情况来分析，主要可能涉及运输方、托运方以及可能的原宠物主人或非法获取者。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 运输方的责任：

   • 审查义务：运输方在接收宠物进行运输时，有义务对宠物的来源、健康状况等进行合理的审查。如果运输方未尽到审查义务，导致来历不明的宠物被运输，运输方可能需要承担一定的责任。这种责任可能基于合同违约（如果运输合同中有相关条款）或基于过错责任原则（即运输方因疏忽或故意未履行审查义务）。
   • 报告义务：一旦发现来历不明的宠物，运输方有义务及时向相关部门（如动物卫生监督机构、公安机关等）报告，并配合调查。如果运输方未履行报告义务，可能面临行政处罚或更严重的法律责任。

2. 托运方的责任：

   • 提供真实信息：托运方在委托运输宠物时，有义务提供宠物的真实来源、健康状况等信息。如果托运方故意提供虚假信息或隐瞒宠物的真实情况，导致来历不明的宠物被运输，托运方需要承担相应的法律责任。这种责任可能包括民事赔偿（如给运输方或其他第三方造成的损失）和行政处罚（如违反动物防疫法等相关规定）。
   • 非法获取宠物的责任：如果托运方是通过非法手段（如盗窃、抢夺等）获取宠物并进行托运的，托运方还需要承担刑事责任。这种责任将根据具体的犯罪情节和法律规定来确定。

3. 原宠物主人或非法获取者的责任：

   • 追索权利：如果来历不明的宠物实际上是某人的合法财产（如被盗窃或丢失的宠物），原宠物主人有权向相关部门报案并追索自己的宠物。同时，原宠物主人也可以根据具体情况向非法获取者（如盗窃者、贩卖者等）主张民事赔偿或要求其承担刑事责任。
   • 非法获取者的刑事责任：如果非法获取者是通过犯罪手段获取宠物的（如盗窃、抢夺等），他们将面临刑事责任的追究。这种责任将根据具体的犯罪情节和法律规定来确定，可能包括有期徒刑、罚金等。

在实际操作中，如果发现来历不明的宠物，建议采取以下措施：

• 立即停止运输，并隔离该宠物以防止疾病传播或其他风险。
• 及时向当地动物卫生监督机构、公安机关等相关部门报告，并配合调查。
• 保留相关证据（如运输合同、托运单、宠物照片等）以便后续维权或追究责任。

最后需要强调的是，宠物运输是一个涉及多方责任和义务的复杂过程。为了确保宠物的安全和合法运输，各方都应尽到自己的责任和义务。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。