结论：学校合同超过5万没有经过学校（这里假设是指未经过学校规定的审批流程或未获得学校授权）可能涉及合同效力问题及学校内部管理规定，具体需根据合同性质、签订主体及学校内部规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同效力角度
如果合同是学校作为一方主体签订的：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿、公平、诚信等原则，并依法享有民事权利和履行民事义务。学校作为法人或其他组织，有权签订与其业务范围相关的合同。
- 若合同金额超过5万且未按照学校内部规定进行审批或未获得学校授权，这可能构成学校内部管理上的瑕疵，但不一定直接影响合同的外部效力。即，如果合同内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他导致合同无效的情形，该合同仍可能被认定为有效。
- 然而，如果因未审批或未授权导致学校内部出现争议，如学校管理层不认可该合同，可能会引发学校内部的纠纷，甚至可能通过法律途径寻求解决，如主张合同无效或撤销等。
如果合同是学校员工个人名义签订，但声称代表学校：
- 在这种情况下，如果员工未经学校授权或超越授权范围签订合同，且合同相对方知道或应当知道该员工无权代表学校，则该合同对学校不产生法律效力，由员工个人承担责任。
- 如果合同相对方有理由相信该员工有权代表学校（如表见代理情形），则学校可能需要承担合同责任，但学校在承担责任后可以向员工追偿。
二、学校内部管理规定角度
- 学校通常会有内部管理规定，对合同签订、审批流程、金额限制等进行明确。如果合同金额超过5万且未按照这些规定进行审批或未获得授权，这可能违反学校内部管理规定。
- 违反学校内部管理规定可能导致学校对相关责任人进行内部处分，如警告、记过、解聘等，但不一定直接影响合同的外部法律效力。
三、法律建议
对于学校：
- 应完善内部管理规定，明确合同签订、审批流程及金额限制等，确保合同签订的合法性和合规性。
- 加强对员工的培训和管理，提高员工的法律意识和合规意识，避免未经授权或超越授权范围签订合同。
- 如发现未经审批或未授权签订的合同，应及时采取措施，如与合同相对方协商、寻求法律途径解决等，以降低潜在风险。
对于合同相对方：
- 在与学校签订合同时，应要求学校提供有效的授权文件或证明，确保合同签订的合法性和有效性。
- 如对学校员工的授权范围有疑问，应及时向学校核实，避免因表见代理等情形导致自身权益受损。
如果已经发生此类情况：
- 建议双方首先通过协商解决争议，如协商不成，可以寻求法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁等。
- 在处理争议时，应充分考虑合同内容、双方意思表示、学校内部管理规定及法律法规等因素，以维护自身合法权益。
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