结论：工程前期费用后期承包者未去除是否违法，需结合具体情况判断，包括费用性质、合同约定、法律规定及实际履行情况等。以下从不同角度详细分析：
一、费用性质与合同约定
费用性质：
- 若前期费用属于工程成本的一部分，如设计费、勘察费、报建费等，且这些费用在合同中明确约定应由承包者承担或包含在工程总价中，那么承包者未去除这些费用可能构成违约。
- 若前期费用属于发包方应承担的费用，如土地征用费、拆迁补偿费等，且合同中未约定由承包者承担，那么承包者未去除这些费用并不违法，但可能涉及与发包方的费用结算问题。
合同约定：
- 合同是双方权利义务的法律依据。若合同中明确约定了前期费用的承担方式和支付时间，承包者未按照约定去除或支付这些费用，则构成违约，发包方有权要求承包者承担违约责任。
- 若合同中未明确约定前期费用的承担方式，则需根据行业惯例、交易习惯或相关法律法规进行判断。
二、法律规定与行业惯例
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若承包者未按照合同约定去除前期费用，则违反了合同义务，应承担相应的法律责任。
- 若前期费用涉及违法或违规行为，如行贿、受贿等，则承包者不仅可能面临民事责任，还可能承担刑事责任。
行业惯例：
- 在建设工程领域，某些前期费用可能由发包方或承包方根据行业惯例承担。例如，设计费可能由发包方承担，而施工准备费可能由承包方承担。若合同中未明确约定，可参考行业惯例进行判断。
三、实际履行情况与证据收集
实际履行情况：
- 若承包者在实际履行过程中已经承担了部分或全部前期费用，但未在结算中去除，则可能涉及费用结算的争议。此时，需根据实际履行情况、合同约定及相关证据进行判断。
- 若承包者完全未承担前期费用，且合同中明确约定应由其承担，则发包方有权要求承包者支付这些费用，并可能要求其承担违约责任。
证据收集：
- 在处理此类纠纷时，证据的收集至关重要。发包方应收集合同、发票、付款凭证等相关证据，以证明前期费用的性质、金额及承担方式。
- 承包方也应收集相关证据，以证明其已经承担了部分或全部前期费用，或证明这些费用应由发包方承担。
四、建议与措施
协商解决：
- 在发生纠纷时，双方应首先尝试通过协商解决。通过友好沟通，明确前期费用的承担方式和支付时间，达成一致意见并签订补充协议。
法律途径：
- 若协商无果，发包方或承包方可通过法律途径解决纠纷。可向法院提起诉讼或申请仲裁，要求对方承担违约责任或支付相关费用。
预防措施：
- 为避免类似纠纷的发生，双方在签订合同时应明确约定前期费用的承担方式和支付时间。同时，在合同履行过程中，应保留好相关证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
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