核心结论：若股份转让款项被协议无关方收取，可通过协商、发函催告、民事诉讼、刑事报案（若涉及犯罪）等方式尝试收回，具体如下：

1. 协商解决
   • 与无关方协商：首先尝试与收取款项的无关方进行友好沟通，了解其收取款项的原因和背景。向其说明该款项本应由协议约定的收款方收取，其收取行为缺乏合法依据，要求其主动返还。在协商过程中，注意保留好沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续可能需要的证据使用。
   • 与转让方和受让方协商：召集股份转让协议的双方，即转让方和受让方，共同与无关方进行协商。明确各方在该事件中的责任和义务，促使无关方认识到其行为的不当性，并达成返还款项的协议。例如，可以协商制定还款计划，明确还款的时间、方式和金额等。
2. 发函催告
   • 律师函催告：如果协商无果，可以委托律师向无关方发送律师函。律师函具有正式性和权威性，能够向无关方表明你方维护自身合法权益的坚定态度。在律师函中，详细阐述股份转让协议的相关内容，包括款项的支付主体、金额、支付方式等，指出无关方收取款项的行为违反了协议约定和相关法律规定，要求其在一定期限内返还款项，否则将承担相应的法律责任。
   • 催告函的法律效力：律师函本身并不具有强制执行力，但它可以起到一定的威慑作用，促使无关方重视该问题并积极解决。同时，律师函也是后续诉讼程序中的重要证据，能够证明你方已经采取了积极的维权措施。
3. 民事诉讼
   • 确定诉讼主体和诉讼请求：以无关方为被告，向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼请求中，明确要求无关方返还收取的股份转让款项，并可以要求其支付逾期返还的利息或赔偿因其行为给你方造成的损失。例如，如果因为款项被无关方收取导致你方无法按时完成股份转让交易，产生了额外的交易成本或损失，可以在诉讼请求中一并主张。
   • 收集和提交证据：在诉讼过程中，需要收集和提交一系列证据来支持你的诉讼请求。这些证据包括股份转让协议、付款凭证（如银行转账记录、支票等）、与无关方的沟通记录、律师函及送达回执等。证据的充分性和有效性将直接影响诉讼的结果，因此要确保证据的真实性、合法性和关联性。
   • 参与诉讼程序：按照法院的安排，积极参与诉讼程序，包括庭审、调解等。在庭审中，要清晰、准确地陈述事实和理由，回答法官和对方当事人的提问，充分展示你方的证据和观点。如果法院组织调解，可以根据实际情况，在合理范围内与无关方进行协商，争取达成调解协议，以尽快解决纠纷。
4. 刑事报案（若涉及犯罪）
   • 判断是否构成犯罪：如果无关方收取股份转让款项的行为涉嫌犯罪，如诈骗、侵占等，你可以向公安机关报案。判断是否构成犯罪需要综合考虑多种因素，如无关方的主观故意、收取款项的方式和手段、款项的数额等。例如，如果无关方通过虚构事实、隐瞒真相的方式骗取你方的股份转让款项，且数额较大，可能构成诈骗罪；如果无关方以非法占有为目的，将你方交付的款项据为己有，拒不返还，可能构成侵占罪。
   • 配合公安机关调查：报案后，要积极配合公安机关的调查工作，提供相关证据和信息，协助公安机关查明案件事实。如果公安机关立案侦查，案件将进入刑事诉讼程序，无关方将面临刑事处罚，同时你方作为被害人，有可能通过刑事附带民事诉讼的方式追回损失。

后续建议：在处理此类问题时，要注意及时采取措施，避免因时间拖延导致证据灭失或损失扩大。同时，在整个过程中要保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如果对具体的法律程序和操作不太熟悉，可以随时向我咨询，我会为你提供详细的指导和帮助。