关于“迟到扣休息”和“原材料损坏扣工资”是否合法的问题，结论如下：

1. “迟到扣休息”的合法性分析

   • 一般情况不合法：根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位不得随意剥夺。迟到是违反工作纪律的行为，但用人单位不能因此剥夺劳动者的休息时间作为惩罚。休息时间是劳动者的合法权益，用人单位应当通过合理的规章制度来管理迟到行为，如警告、罚款（但罚款金额需合法合理）等，而不是直接扣除休息时间。

   • 特殊情况需谨慎：如果用人单位与劳动者在劳动合同或规章制度中明确约定了迟到扣休息的具体条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，同时劳动者在签订合同时已知悉并同意该条款，那么在这种情况下，迟到扣休息可能具有一定的合法性。但即便如此，用人单位也应确保该条款的公平性和合理性，避免过度剥夺劳动者的休息权益。

2. “原材料损坏扣工资”的合法性分析

   • 因劳动者原因造成损失可扣工资：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

   • 非劳动者原因造成损失不得扣工资：如果原材料损坏并非由劳动者个人原因造成，而是由于设备故障、管理不善等其他原因导致，那么用人单位无权要求劳动者承担赔偿责任，更不得从其工资中扣除损失。

   • 扣除工资需合法合理：即使因劳动者原因造成原材料损坏，用人单位在扣除工资时也应确保扣除的金额合法合理，且符合劳动合同或规章制度的约定。同时，用人单位应提供充分的证据证明损失是由劳动者造成的，以及损失的具体金额。

建议与总结：

• 对于“迟到扣休息”的行为，用人单位应尽量避免采用，而是通过合理的规章制度来管理迟到行为，确保劳动者的休息权益不受侵犯。

• 对于“原材料损坏扣工资”的行为，用人单位应首先查明损失原因，确定是否由劳动者个人原因造成。如果是，再按照法律法规和劳动合同的约定进行赔偿处理，确保扣除的金额合法合理。

• 劳动者在面对用人单位的不合理扣款行为时，应勇敢维护自己的合法权益，及时与用人单位沟通协商，或向劳动监察部门投诉举报。

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