结论：超市转让协议在店已经过户给对方后，是否还有用取决于协议的具体内容、履行情况以及是否存在后续义务或争议解决条款。以下从不同角度进行分析：

1. 协议的基本效力

• 合同效力不受物权变动影响：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的效力并不因物权的变动（如店铺过户）而自动失效。除非协议中明确约定了“店铺过户后协议自动终止”或类似条款，否则转让协议在过户后仍然具有法律效力。
• 协议内容决定后续义务：如果协议中除了店铺转让外，还包含了其他义务（如支付尾款、提供售后服务、保密义务等），则这些义务在过户后仍然需要履行。

2. 过户后的协议履行

• 已完成义务：如果协议中的主要义务（如店铺转让、价款支付）已经履行完毕，且没有其他后续义务或争议解决条款，那么协议在实质上可能已经“履行完毕”，但协议文本本身仍然存在，可以作为双方履行情况的证据。
• 未完成义务：如果协议中还有未履行的义务（如支付剩余款项、协助办理相关手续等），则过户后协议仍然有效，双方需要继续履行。

3. 争议解决条款

• 争议解决条款的独立性：许多转让协议中会包含争议解决条款（如仲裁条款、诉讼管辖条款等）。这些条款在协议其他部分履行完毕后仍然有效，用于解决可能因协议履行产生的争议。
• 过户后的争议：如果过户后双方因协议履行产生争议（如对方未支付尾款、店铺存在质量问题等），仍然可以依据协议中的争议解决条款寻求法律救济。

4. 协议的变更或解除

• 双方协商变更或解除：如果双方希望变更或解除协议，可以协商一致并签订书面变更或解除协议。在这种情况下，原协议的部分或全部内容将不再适用。
• 法定解除情形：如果存在法定解除情形（如对方严重违约、不可抗力等），一方可以依据法律规定解除协议，并要求对方承担相应责任。

5. 建议

• 保留协议文本：无论协议是否已经履行完毕，都建议保留协议文本作为证据，以备不时之需。
• 及时沟通：如果过户后发现协议履行存在问题或争议，建议及时与对方沟通并寻求解决方案。
• 法律咨询：如果涉及复杂的法律问题或争议，建议及时向我咨询，以便更好地维护自身权益。

示例：假设超市转让协议中约定了“店铺过户后，乙方需在30日内支付剩余款项10万元”。如果店铺已经过户给对方，但对方未在30日内支付剩余款项，则根据协议约定，乙方仍然需要履行支付义务。此时，转让协议仍然有效，并可以作为甲方要求乙方支付款项的依据。

总结：超市转让协议在店已经过户给对方后，是否还有用取决于协议的具体内容、履行情况以及是否存在后续义务或争议解决条款。建议根据实际情况判断协议的效力，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。