核心结论：鸡蛋在运输过程中破损，商家的赔偿方式需根据具体情况确定，主要分为以下两种情况：

1. 商家与物流方有明确运输合同或约定
   若商家与物流公司签订的运输合同中明确约定了货物破损的赔偿责任（如破损率、赔偿标准等），则商家需先依据合同向物流方索赔。例如，合同约定“破损率超过5%时，物流方按破损鸡蛋市场价的80%赔偿”，则商家可据此主张权利。
   法律依据：根据《民法典》第832条，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任，但托运人或收货人能证明承运人无故意或重大过失的除外。若合同有特别约定，优先适用约定。

2. 商家与物流方无明确约定，或商家直接向消费者销售

   • 商家对消费者：若商家通过快递直接向消费者发货，鸡蛋破损属于商家交付的货物不符合质量要求。根据《消费者权益保护法》第24条，消费者有权要求商家退货、换货或修理；若商家未提前告知运输风险（如“易碎品不保损”），消费者还可主张赔偿实际损失（如鸡蛋价款、因破损导致的其他损失）。
     
   • 商家对物流方：若商家未与物流方约定赔偿标准，可依据《民法典》第833条，按交付时货物到达地的市场价格计算赔偿金额。但需注意，若商家未对鸡蛋进行妥善包装（如未使用防震材料），可能需自行承担部分责任。

补充建议：

• 保留证据：商家或消费者应保存运输单据、破损照片、沟通记录等，以证明破损事实及责任方。
  
• 协商优先：建议先与物流方或对方协商赔偿金额，若协商不成，可向法院起诉或通过邮政管理部门投诉（针对快递公司）。
  
• 预防措施：商家可在合同中明确赔偿标准，或选择信誉良好的物流方并购买保价服务；消费者可在收货时先验货再签收。

如有进一步细节（如是否保价、包装方式等），可向我补充说明，我会为您细化分析。