竣工多年的工程如果查出是挂靠投标公司，仍然可能会受到处罚。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律责任角度
行政责任：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第五十四条的规定，投标人以他人名义投标或者以其他方式弄虚作假，骗取中标的，中标无效，处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，取消其一年至三年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照。
- 即使工程已经竣工多年，如果发现存在挂靠投标的行为，相关行政主管部门仍然有权依据上述法律规定对挂靠方和被挂靠方进行处罚。
民事责任：
- 挂靠行为可能违反了合同法的相关规定，导致合同无效或可撤销。如果因挂靠行为给发包人造成损失的，挂靠方和被挂靠方可能需要承担连带赔偿责任。
- 在工程竣工后，如果因工程质量问题引发纠纷，且质量问题与挂靠行为有关，那么挂靠方和被挂靠方也可能需要承担相应的民事责任。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果挂靠行为涉及串通投标、行贿等犯罪行为，且这些行为在工程竣工多年后仍然被发现，那么相关责任人员可能会面临刑事责任的追究。
二、实际执行角度
处罚的时效性：
- 虽然法律对违法行为的处罚通常有一定的时效限制，但挂靠投标行为属于严重的违法行为，且可能涉及多个法律领域的责任追究。因此，即使工程已经竣工多年，只要违法行为被发现，相关责任人员仍然可能面临处罚。
证据的收集与保存：
- 在实际执行过程中，处罚的依据是充分的证据。如果工程竣工多年后才发现挂靠行为，那么需要收集足够的证据来证明这一事实。这可能包括合同文件、投标文件、财务记录、证人证言等。
- 如果证据充分且确凿，那么相关责任人员将难以逃避法律的制裁。
三、建议与措施
自查自纠：
- 对于已经竣工的工程，如果存在挂靠投标的嫌疑，建议相关企业主动进行自查自纠，及时发现并纠正问题，以避免可能的法律风险和损失。
寻求法律帮助：
- 如果面临处罚或法律纠纷，建议及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助企业维护合法权益。
加强合规管理：
- 为了避免类似问题的再次发生，企业应加强合规管理，建立健全的内部控制制度，确保在招投标、合同签订、工程实施等各个环节都严格遵守法律法规和行业规范。
综上所述，竣工多年的工程如果查出是挂靠投标公司，仍然可能会受到处罚。因此，企业应高度重视合规管理，避免违法行为的发生。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。