纪委查处挂靠公司施工行为的处罚，需根据具体违法违规情形、主体身份及造成的后果，结合党纪、行政法规及刑事法律综合判定，主要处罚方向如下：

1. 若挂靠行为涉及党员干部违规违纪，可能面临党纪处分

根据《中国共产党纪律处分条例》（2023年修订）第110条，党员干部利用职权或职务影响，为亲属、特定关系人或其他单位谋取利益，包括违规干预工程承揽、允许他人挂靠自己名义施工的，可能构成“违规干预和插手市场经济活动”或“利用职权为他人谋利”行为。

• 处罚类型：根据情节轻重，可能给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍处分。
  
• 关键点：需证明党员干部存在“主观故意”或“明知挂靠仍默许”的行为，且挂靠行为实际损害了公共利益或造成不良影响。
  

2. 若挂靠行为违反行政法规，可能面临行政处罚

根据《中华人民共和国建筑法》第66条及《建设工程质量管理条例》第61条，挂靠施工（即无资质或低资质单位借用有资质单位名义承揽工程）属于违法行为，可能面临：

• 对挂靠方与被挂靠方：责令改正，没收违法所得，处工程合同价款2%-4%的罚款；情节严重的，吊销资质证书。
  
• 对直接责任人员：可能处单位罚款数额5%-10%的罚款。
  
• 特殊情形：若挂靠工程存在质量问题或安全事故，处罚会进一步加重，可能涉及停业整顿、降低资质等级或限制市场准入。
  

3. 若挂靠行为涉嫌刑事犯罪，可能追究刑事责任

若挂靠行为伴随以下情形，可能触犯刑法：

• 行贿罪：为获取挂靠机会向公职人员行贿（《刑法》第389条），处3年以下有期徒刑或拘役；数额巨大或情节严重的，处3-10年有期徒刑。
  
• 串通投标罪：若挂靠行为涉及围标、串标（《刑法》第223条），处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
  
• 重大责任事故罪：若挂靠施工导致重大安全事故（《刑法》第134条），对直接责任人员处3年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处3-7年有期徒刑。
  

4. 纪委查处中的“双查”机制

纪委在查处挂靠问题时，通常遵循“一案双查”原则：

• 查事：调查挂靠行为本身是否违法违规；
  
• 查人：调查是否存在党员干部失职渎职、权力寻租或利益输送。
  若发现党员干部存在违纪违法问题，将同步启动党纪处分程序；若仅涉及企业或个人违法，则移交行政机关或司法机关处理。
  

总结：纪委对挂靠公司施工的处罚需结合行为性质、主体身份及后果综合判定，可能涉及党纪处分、行政处罚甚至刑事追责。若您或您所在单位涉及此类问题，建议尽快梳理具体情节（如挂靠方式、是否造成损失、是否有党员干部参与等），以便更精准评估风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。