在刑事案件中，若作案车辆并非犯罪人所有，司法机关会结合车辆来源、使用目的、是否知情等要素综合判断，并可能采取以下处理方式：

1. 车辆作为犯罪工具的没收与追缴
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，若车辆被认定为犯罪工具（如用于运输毒品、盗窃财物等），且犯罪人实际控制或使用车辆实施犯罪，司法机关可依法没收车辆。即使车辆登记在他人名下，若实际所有人明知或应知车辆被用于犯罪仍提供帮助，可能被认定为共犯，车辆同样面临没收风险。
   例外情形：若车辆所有人对犯罪行为完全不知情（如车辆被盗后用于犯罪），且无过错，车辆通常不会被没收，但需配合调查并提供相关证据（如购车合同、报警记录等）。

2. 车辆所有人的法律责任认定

   • 无过错情形：若车辆所有人对犯罪行为不知情（如车辆被盗窃、抢劫后用于犯罪），且已尽到合理注意义务（如及时报警、锁好车辆等），则无需承担刑事责任，车辆可能通过程序返还。
     
   • 有过错情形：若车辆所有人明知或应知他人可能利用车辆实施犯罪（如将车辆借给有犯罪前科的人且未核实用途），可能构成帮助犯或共犯，需承担相应刑事责任。此时车辆可能被没收，且所有人可能面临罚金、拘役等处罚。

3. 车辆返还与赔偿程序

   • 返还条件：若车辆与犯罪无关（如犯罪人临时盗用车辆），或车辆所有人无过错且车辆未被认定为犯罪工具，司法机关应在案件终结后依法返还车辆。
     
   • 赔偿请求：若车辆因犯罪行为受损（如被查扣期间损坏），所有人可向犯罪人或其保险公司主张民事赔偿，但需提供车辆价值、损坏程度等证据。

4. 实务中的关键证据与程序

   • 车辆来源证明：所有人需提供购车发票、行驶证、保险记录等，证明车辆合法归属及无过错。
     
   • 使用情况证据：如借车记录、监控录像等，证明所有人对犯罪行为不知情或未参与。
     
   • 程序参与权：车辆所有人有权作为利害关系人参与刑事诉讼，提出异议或申请返还车辆，必要时可委托律师介入。

建议：若您或他人涉及此类情形，建议立即收集车辆合法性证据（如购车合同、报警记录等），并咨询律师评估风险。司法实践中，车辆是否被没收、所有人是否担责，需结合具体案情和证据综合判断，切勿因疏忽导致权益受损。