结论：项目缺勤太多，甲方加倍扣款时，项目负责人是否有责任需视具体情况而定，主要取决于合同约定、公司规章制度以及项目负责人的具体职责。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度

• 关键点：首先需查看项目负责人与甲方签订的合同中，是否有关于缺勤及扣款的具体条款。
• 分析：
  • 如果合同中明确规定了缺勤达到一定次数或时长时，甲方有权加倍扣款，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，那么项目负责人作为合同的一方，应当遵守合同约定，此时项目负责人（或其代表的团队/公司）需承担相应的扣款责任。
  • 如果合同中没有明确规定加倍扣款的情况，或者规定不明确，那么甲方单方面加倍扣款可能缺乏合同依据，项目负责人可以对此提出异议。

2. 公司规章制度角度

• 关键点：其次需考虑公司内部的规章制度，特别是关于员工缺勤和扣款的规定。
• 分析：
  • 如果公司规章制度中明确规定了缺勤的扣款标准，并且这一标准在合理范围内（即不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平），那么项目负责人作为公司的一员，应当遵守这些规定。但需要注意的是，公司规章制度通常不能直接约束甲方，除非甲方在合同中明确同意接受这些规定的约束。
  • 如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定与合同约定相冲突，那么需要依据合同约定来处理。

3. 项目负责人职责角度

• 关键点：还需考虑项目负责人的具体职责，以及其在缺勤和扣款事件中的角色。
• 分析：
  • 如果项目负责人是直接负责项目执行和人员管理的人员，且其团队成员的缺勤导致了项目进度受阻或甲方损失，那么项目负责人可能需要承担一定的管理责任，但这并不直接等同于承担加倍扣款的责任。加倍扣款的责任应依据合同约定和公司规章制度来确定。
  • 如果项目负责人已经尽到了合理的管理职责，且缺勤是由于不可抗力或员工个人原因导致的，那么项目负责人可能不需要承担额外的责任。

4. 法律后果与建议

• 法律后果：如果甲方单方面加倍扣款缺乏合同依据或公司规章制度支持，项目负责人（或其代表的团队/公司）有权要求甲方返还多扣的款项，并可能因此产生纠纷。
• 建议：
  • 项目负责人应首先审查合同和公司规章制度，明确双方的权利和义务。
  • 如果认为甲方的扣款行为不合理或缺乏依据，可以与甲方进行协商，寻求妥善解决方案。
  • 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。

总结：项目缺勤太多时甲方加倍扣款，项目负责人是否有责任需根据合同约定、公司规章制度以及项目负责人的具体职责来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。