核心结论：在招标控制价虚高且合同已签订的情况下，后续结算需分情况处理，关键在于合同条款的约定及实际履行情况是否合法合规。以下是具体分析：

1. 若合同明确约定以招标控制价为结算依据

• 法律风险：若招标控制价明显高于市场合理水平，可能涉及招标程序违法（如未依法编制工程量清单、未遵循计价规范等），导致合同条款因违反《招标投标法》第41条“中标条件应反映真实成本”而存在效力瑕疵。
• 处理建议：
  • 核查招标文件：检查招标控制价的编制依据（如工程量清单、计价规范、市场询价记录等），确认是否存在虚增工程量、套用错误定额等违规行为。
  • 主张调整价款：若能证明招标控制价虚高（如通过第三方造价鉴定），可依据《民法典》第533条“情势变更”或第54条“显失公平”请求法院或仲裁机构调整合同价款。
  • 行政投诉：向当地住建部门或公共资源交易监管机构举报招标程序违法，要求撤销中标结果或重新核定控制价。

2. 若合同约定以实际工程量或市场价结算

• 法律风险：此类条款通常合法有效，但需注意合同是否明确约定了“虚高控制价不作为结算依据”的免责条款。若未约定，可能需按实际履行情况结算。
• 处理建议：
  • 固定证据：在施工过程中保留所有变更签证、材料认价单、进度款审批记录等，证明实际成本与控制价的差异。
  • 主张按实结算：依据合同约定或《建设工程价款结算暂行办法》第11条，要求按实际完成的工程量及市场价结算，排除虚高控制价的影响。
  • 反诉违约：若发包方坚持按虚高控制价结算，可反诉其违反《民法典》第577条“全面履行义务”原则，要求赔偿损失。

3. 若合同未明确约定结算方式

• 法律风险：根据《民法典》第510条，双方可协议补充；协议不成的，按合同相关条款或交易习惯确定。若仍无法确定，可能参照政府指导价或市场价。
• 处理建议：
  • 优先协商：与发包方沟通，提出按行业惯例或第三方审计结果结算。
  • 申请司法鉴定：通过法院委托造价机构对工程实际成本进行鉴定，作为结算依据。
  • 引用类案裁判：提供类似虚高控制价案件的判决书，证明法院倾向按实际成本结算的裁判规则。

4. 特殊情形：存在串标、围标等违法行为

• 法律风险：若招标控制价虚高是因串通投标（如发包方与特定投标人提前约定高价），则中标合同可能因违反《招标投标法》第53条而无效。
• 处理建议：
  • 收集证据：调取招标文件、投标文件、沟通记录等，证明存在串标行为。
  • 主张合同无效：依据《民法典》第154条，请求法院认定合同无效，并按实际成本折价补偿。
  • 行政处罚：向公安机关或市场监管部门举报串标行为，追究相关方行政责任。

行动建议：

1. 立即梳理招标文件、合同文本、施工记录等证据材料；
2. 委托专业造价机构对工程实际成本进行预评估；
3. 根据证据情况选择协商、调解、诉讼或仲裁途径解决争议；
4. 若涉及行政违法，同步启动行政投诉程序。

如有进一步细节（如合同条款、招标程序违规点等），可随时补充说明，我将为您定制更具体的解决方案。