结论：公司协商解除劳动合同时，若补偿标准不是按照“N”（即工作年限对应的月工资补偿）来执行，确实需要在解除协议中明确注明补偿标准及具体金额，以避免后续纠纷。以下从不同角度详细分析：

1. 法律要求与协议明确性

根据《劳动合同法》及相关规定，协商解除劳动合同时，双方应就经济补偿达成一致。若补偿标准不是法定的“N”（或法定标准外的其他合理标准，如“N+1”等），则必须在解除协议中明确写明补偿标准、计算方式及具体金额。这是为了确保协议内容清晰、无歧义，避免双方对补偿金额产生争议。

例子：若员工工作3年，公司提出按“2N”标准补偿（即6个月工资），则协议中应写明：“双方协商一致，公司向员工支付经济补偿金共计人民币XX元（大写：XX元整），该金额按员工工作年限的2倍计算（即3年×2倍×月工资XX元）。”

2. 避免后续纠纷的必要性

若解除协议中未注明补偿标准，仅笼统写明“双方协商一致解除劳动合同”，则可能引发以下风险：

• 员工主张法定标准：员工可能事后主张公司应按法定“N”标准补偿，要求补足差额；
• 公司举证困难：若公司无法证明双方已就非法定标准达成一致，可能面临败诉风险；
• 影响公司信誉：纠纷可能损害公司形象，影响员工关系管理。

建议：无论补偿标准是高于还是低于法定标准，均应在协议中详细列明计算依据（如工作年限、月工资基数、倍数等），并由双方签字确认。

3. 特殊情况的处理

若公司因经营困难等特殊原因，需低于法定标准补偿（如“0.5N”），则需注意：

• 员工自愿同意：必须确保员工完全自愿接受该标准，且无胁迫、欺诈情形；
• 协议内容合法：补偿标准不得违反法律强制性规定（如最低工资标准、社会保险缴纳义务等）；
• 留存证据：建议通过书面、录音等方式留存员工同意的证据，以备不时之需。

提醒：即使员工口头同意，若协议中未明确写明，仍可能被认定为无效约定。

4. 协议签署后的法律效力

一旦双方签署解除协议，且内容符合法律规定，则该协议具有法律效力。若员工事后反悔，公司可依据协议内容抗辩，但需确保协议本身无瑕疵（如未胁迫、欺诈，内容合法等）。

总结：协商解除劳动合同时，补偿标准非“N”时，必须在协议中明确注明，这是保障双方权益、避免纠纷的关键。若您或公司面临此类问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。