事业单位工作人员长期旷工，解除聘用关系的程序主要依据《事业单位人事管理条例》的相关规定进行。以下是详细的分析和解答：

一、解除聘用关系的法定条件

根据《事业单位人事管理条例》第十五条，事业单位工作人员若存在以下情形之一，单位可以解除聘用合同：

1. 连续旷工超过15个工作日：这要求工作人员在较短时间内持续缺勤，达到或超过15个工作日。
2. 1年内累计旷工超过30个工作日：这是从年度累计的角度对旷工行为进行界定，若工作人员在一年内累计旷工天数超过30个工作日，单位同样有权解除聘用合同。

二、解除聘用关系的程序

在满足上述法定条件后，事业单位应按照以下程序解除与工作人员的聘用关系：

1. 调查核实：单位应对工作人员的旷工情况进行调查核实，确保旷工事实清楚、证据确凿。这包括收集考勤记录、请假记录、同事证言等相关证据。
2. 通知工会（如单位设有工会）：根据《劳动合同法》的相关规定，单位在解除聘用合同前，应将理由通知工会。工会认为单位解除行为不适当的，有权提出意见。单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。虽然《事业单位人事管理条例》未明确提及此步骤，但遵循类似程序有助于保障员工的合法权益。
3. 作出解除决定：单位在调查核实并通知工会（如适用）后，应作出解除聘用合同的决定。决定应明确解除的原因、依据和解除时间等关键信息。
4. 送达解除通知：单位应将解除聘用合同的通知以书面形式送达工作人员本人。通知应明确告知工作人员解除聘用合同的事实、理由和依据，以及工作人员享有的申诉权利等。
5. 办理离职手续：在解除聘用合同后，单位应协助工作人员办理离职手续，包括结算工资、奖金、福利等，转移人事档案和社保关系等。

三、注意事项

1. 合法合规：单位在解除聘用合同过程中，必须严格遵守相关法律法规和规章制度的要求，确保解除行为的合法性和合规性。
2. 证据充分：单位应确保收集的证据充分、确凿，能够证明工作人员的旷工事实和解除聘用合同的合法性。
3. 员工权益保障：单位在解除聘用合同前，应充分保障工作人员的申诉权利，确保解除行为的公正性和透明度。

四、法律后果

若单位未按照法定程序解除聘用合同，或解除行为缺乏合法依据，工作人员有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求单位承担相应的法律责任。这包括但不限于恢复劳动关系、支付赔偿金等。

总结来说，事业单位工作人员长期旷工时，单位应依据《事业单位人事管理条例》的相关规定，按照法定程序解除与工作人员的聘用关系。在解除过程中，单位应确保合法合规、证据充分，并充分保障工作人员的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。