商户租赁合同变更的办理主体，需根据变更事项的性质和合同约定来确定，一般由合同双方（即商户和出租方）共同协商办理。以下是具体分析：

1. 协商一致原则：根据《民法典》的相关规定，合同变更需经合同双方协商一致。这意味着，无论是商户还是出租方，都不能单方面决定合同的变更事项。因此，商户租赁合同的变更，首先需要商户和出租方就变更事项进行协商，并达成一致意见。

2. 变更事项的性质：

   • 如果变更事项涉及合同的主要条款，如租赁期限、租金标准、租赁用途等，那么双方需要更加谨慎地协商，并可能需要签订书面的变更协议，以明确双方的权利和义务。
   • 如果变更事项相对较小，如租赁物的部分维修、装修等，双方也可以根据实际情况进行协商，并可以通过补充协议或书面确认的方式记录变更内容。

3. 合同约定：除了法律规定外，合同双方还可以在原租赁合同中约定变更事项的具体办理方式和程序。如果合同中有明确约定，那么双方应按照合同约定来办理变更手续。例如，合同可能规定变更需提前多少天通知对方、需提交哪些材料、需经过哪些审批程序等。

4. 办理流程：在协商一致并确定变更事项后，双方应按照以下流程办理变更手续：

   • 签订书面变更协议或补充协议，明确变更内容、生效时间等关键条款。
   • 根据变更事项的性质和合同约定，可能需要向相关部门办理备案或审批手续。例如，如果变更涉及租赁物的用途改变，可能需要向城市规划部门或房管部门办理相关手续。
   • 双方应保留好变更协议或补充协议的原件及相关办理手续的材料，以备后续查验或纠纷解决之需。