签认罪认罚书本身并不直接决定是否会留有案底，是否会有案底取决于后续的法律程序和检察院或法院的决定。以下是对此问题的详细分析：
一、认罪认罚书的性质与后果
认罪认罚书是犯罪嫌疑人在刑事诉讼过程中，对自己所涉嫌的犯罪事实表示认可，并愿意接受相应处罚的一种书面表示。签署认罪认罚书意味着嫌疑人对于指控的接受态度，但它本身并不等同于法院的判决或检察院的决定。认罪认罚往往与量刑优惠等制度相关联，法院或检察院可能会考虑给予自愿认罪认罚的嫌疑人一定的量刑优惠或不起诉决定。
二、会留下案底的情况
法院判决有罪：
- 如果犯罪嫌疑人签署了认罪认罚书，并且经过法院审判被判决有罪（无论是主刑还是附加刑），都会留下案底。案底一般指某人过去犯罪行为的记录，存放于公安部门与相关国家机关。
酌定不起诉但构成犯罪：
- 依据《刑事诉讼法》的相关规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。然而，这种情况下，由于犯罪嫌疑人确实实施了犯罪行为，只是基于情节轻微等原因被免予起诉，因此仍然会留下案底。这是因为酌定不起诉本质上还是认定了犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，只是检察院根据法律赋予的自由裁量权决定不起诉，但犯罪事实依然存在，并会在司法机关留下相关记录。
三、不会留下案底的情况
法定不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》的规定，若案件存在情节显著轻微、危害不大等法定情形之一，不追究刑事责任，人民检察院应当作出不起诉决定。在这种情况下，由于法律层面不认为构成犯罪或不应追究刑事责任，因此不会留下案底。
证据不足不起诉：
- 对于二次补充侦查后仍证据不足的案件，人民检察院应作出不起诉决定。由于现有证据无法充分证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，按照疑罪从无的原则，不能认定有罪，因此不会产生案底。
四、特殊情况说明
- 即使检察机关决定不起诉，公安机关的侦查卷宗仍然会存档保存。这意味着虽然没有正式的刑事判决，但相关记录仍然存在，并可能在某些特定情况下（如行政审批、就业审查等环节）被查阅或考虑。不过，这种存档并不等同于传统意义上的“案底”，它更多是一种内部记录，不会对外公开，也不会对个人的日常生活产生直接影响。
总结与建议：
- 签署认罪认罚书本身并不直接导致留下案底，是否会有案底取决于后续的法律程序和检察院或法院的决定。
- 如果您或您身边的人面临类似情况，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能后果，以便做出明智的选择。
- 在任何情况下，都应遵守法律法规，避免涉及违法犯罪行为，以维护自己的良好记录和声誉。
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