结论概述：
若合作公司被查税并牵扯到贵公司，且怀疑存在虚假合作的情况，贵公司应首先保持冷静，积极配合税务机关的调查，并同时采取一系列措施来维护自身权益和澄清事实。以下是从多个角度给出的详细分析和建议。
一、法律背景与责任分析
税务合规性：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，企业有义务按照税法规定进行纳税申报和缴纳税款。若贵公司与合作公司的交易确实存在，且符合税法规定，则无需担心税务问题。
- 若交易存在不真实或虚假的情况，如虚构交易、隐瞒收入等，则可能涉及偷税、逃税等违法行为，贵公司作为交易一方，可能面临税务机关的调查和处罚。
合作协议审查：
- 审查与合作公司签订的合作协议，确认协议内容是否真实、合法，并明确双方的权利和义务。
- 若协议中存在模糊或不利于贵公司的条款，应及时与合作公司沟通协商，必要时可寻求法律途径进行修正或解除协议。
二、应对措施与建议
积极配合调查：
- 当税务机关进行调查时，贵公司应积极配合，提供必要的资料和证据，如交易合同、发票、付款凭证等。
- 保持与税务机关的沟通，及时了解调查进展和结果，以便及时采取应对措施。
内部自查与整改：
- 对贵公司的财务和税务情况进行全面自查，确保所有交易均真实、合法，并符合税法规定。
- 若发现存在问题或隐患，应及时进行整改，并加强内部管理，防止类似问题再次发生。
寻求法律援助：
- 若贵公司认为自身权益受到侵害，或面临不公正的税务处理，可寻求专业律师的法律援助。
- 律师将协助贵公司分析案情，提供法律意见，并代表贵公司与税务机关进行沟通协商，维护贵公司的合法权益。
与合作公司沟通协商：
- 在税务机关调查期间，贵公司可与合作公司进行沟通协商，了解对方的情况和态度。
- 若合作公司承认存在虚假合作的情况，并愿意承担相应责任，贵公司可与其协商解决方案，如共同向税务机关说明情况、承担相应税款等。
三、可能面临的法律后果
若交易真实合法：
- 若贵公司与合作公司的交易确实真实、合法，并符合税法规定，则贵公司无需承担任何法律责任。
- 税务机关在调查后，若确认贵公司无违法行为，将不会对贵公司进行处罚。
若交易存在虚假情况：
- 若贵公司与合作公司的交易存在虚假情况，如虚构交易、隐瞒收入等，则贵公司可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金、罚款等。
- 若情节严重，构成犯罪的，贵公司及相关责任人员还可能面临刑事责任的追究。
四、后续行动建议
加强税务合规管理：
- 贵公司应加强税务合规管理，建立完善的税务管理制度和流程，确保所有交易均真实、合法，并符合税法规定。
- 定期对财务和税务情况进行自查和审计，及时发现并纠正存在的问题和隐患。
谨慎选择合作伙伴：
- 在未来的业务合作中，贵公司应谨慎选择合作伙伴，对合作方的信誉、资质和经营情况进行充分了解和评估。
- 签订合作协议时，应明确双方的权利和义务，并约定违约责任和争议解决方式，以降低合作风险。
若贵公司面临合作公司被查税并牵扯到自身的情况，应保持冷静、积极配合调查，并同时采取一系列措施来维护自身权益和澄清事实。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。