关于农村相邻两家均无证但有相邻纠纷协议，该协议是否有效的问题，结论如下：

1. 协议内容合法且不违反公序良俗时，通常有效
   根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。若相邻纠纷协议是双方自愿签订，内容涉及通行、排水、采光等合理事项，且未损害他人或公共利益，即使房屋无产权证，协议本身仍可能被认定为有效。例如，双方约定“甲方允许乙方在宅基地边缘修建排水沟”，此类约定若不涉及土地权属变更，通常受法律保护。

2. 协议涉及无证房屋权属时，效力可能受限
   若协议内容涉及房屋所有权、使用权或土地权属的划分（如“甲方将无证房屋的一半产权转让给乙方”），则因房屋无合法产权证明，协议中关于权属的约定可能因违反《民法典》第二百零九条（不动产物权登记生效原则）而被认定无效。但需注意，若双方后续补办产权证，协议中非权属部分（如维修责任、使用限制）仍可能有效。

3. 协议履行需以实际占有为基础
   农村无证房屋常因历史原因未办理产权证，但若双方长期实际占有、使用房屋，且协议内容与实际占有状态一致（如“甲方承认乙方对西侧三间房屋的实际占有”），法院可能结合《民法典》第二百二十九条（基于法律行为取得物权）或地方政策，认可协议对实际占有状态的确认效力。

法律建议：

• 明确协议内容：避免在协议中直接约定房屋所有权或土地权属，可聚焦于相邻关系处理（如通行、排水、通风等），并注明“本协议不涉及土地或房屋权属变更”。
  
• 补充证据：若房屋因历史原因未办证，可收集建房审批文件、村委会证明、长期占有使用证据（如水电费缴纳记录）等，增强协议效力。
  
• 公证或见证：建议对协议进行公证或邀请村委会、基层法律服务所见证，提升协议的证明力。
  

风险提示：
若协议涉及无证房屋的买卖、赠与等权属变更，可能因违反法律强制性规定被认定无效，且双方可能面临行政处罚（如拆除违章建筑）。建议签订协议前咨询专业律师，确保内容合法合规。

如有进一步疑问或需审查具体协议内容，可直接向我咨询。