企业已进入破产程序后新立案案件的处理方式需根据案件性质分情况讨论，具体如下：

1. 若案件属于破产衍生诉讼（如破产债权确认、取回权、别除权纠纷等）
   根据《企业破产法》第21条，此类案件应由受理破产申请的法院集中管辖。即使其他法院已立案，也需通过管辖权移送程序将案件移送至破产法院审理。例如，债权人起诉债务人确认债权的案件，即使起诉时企业尚未被宣告破产，但只要在诉讼过程中进入破产程序，原受理法院应将案件移送。

2. 若案件属于破产企业作为被告的普通民事纠纷（如买卖合同纠纷、侵权纠纷等）
   根据《企业破产法》第20条，诉讼程序原则上中止，待管理人接管企业财产后恢复审理。此时需注意：

   • 管理人应在30日内决定是否继续诉讼（如承认对方诉讼请求或和解）；
     
   • 若管理人未在期限内表态，法院可恢复审理并依法裁判；
     
   • 若案件结果涉及破产财产分配，判决需预留破产程序中的申报债权环节。

3. 若案件属于破产企业作为原告的主动诉讼（如追收债务、撤销个别清偿等）
   此类诉讼通常由管理人代表企业继续进行，目的是增加破产财产。例如，管理人可依据《企业破产法》第31-34条提起撤销权诉讼，追回债务人无偿转让财产等行为涉及的财产。

4. 若案件涉及刑事犯罪（如破产欺诈、职务侵占等）
   刑事案件与破产程序并行不悖，但需注意：

   • 刑事追缴的财产需纳入破产财产统一分配；
     
   • 若刑事判决导致民事债权关系变化（如合同被认定无效），管理人需及时调整债权确认方案；
     
   • 实践中可能存在“先刑后民”的协调机制，但破产程序中的债权申报不因刑事立案而中止。

实务建议：

• 当事人收到新立案案件通知后，应立即向破产管理人通报，避免因程序衔接问题损害权益；
  
• 管理人需在接管企业后15日内向已知法院通报破产情况，确保案件移送或中止程序启动；
  
• 若案件涉及跨境元素（如涉外合同、境外资产），需结合《企业破产法》第5条关于跨境破产的规定处理。

如需进一步分析具体案件类型或程序细节，可直接向我说明案情，我将结合《企业破产法》及相关司法解释为您详细解答。