针对您提出的“对破产企业提起诉讼的案件如何处理”这一问题，以下是我根据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规，为您提供的详细解答：
一、管辖法院与诉讼主体
管辖法院：
- 当企业正在进行破产程序时，所有涉及该债务人的民事诉讼均须向受理破产申请的人民法院提起。这是为了确保破产程序的集中统一处理，避免裁判冲突，提高破产效率。
诉讼主体：
- 在破产程序中，债务人的诉讼主体资格依然保留，但通常由管理人（由人民法院指定）代表债务人参加诉讼。债权人提起诉讼时，应以债务人为被告，而管理人则负责答辩、举证等诉讼行为。
二、诉讼时间与程序影响
破产申请受理前已开始的诉讼：
- 若诉讼已在破产申请受理前开始但尚未审结，该诉讼将中止，待管理人接管债务人财产后继续进行。这是为了确保破产程序启动后，债务人财产能够统一清理和分配，避免原诉讼与破产程序产生冲突。
破产申请受理后新提起的诉讼：
- 债权人欲对破产企业提起新诉讼，需在债权申报期限内申报债权。若未按时申报，可在破产财产最后分配前补充申报，但已进行的分配不再补充分配，且补充申报费用由申报人承担。
- 新提起的诉讼只能向受理破产申请的法院提起，以确保破产程序的顺利进行和各方合法权益的保障。
程序影响：
- 破产程序的启动将对原有及新增诉讼产生直接影响，包括诉讼的中止与恢复、债权的确认与分配等。这些均需遵循破产法的相关规定，以确保全体债权人的公平受偿权。
三、诉讼权利与限制
诉讼权利：
- 管理人有职责代表债务人参与诉讼、仲裁等法律程序，确保企业即便在破产状态下也能行使必要的诉讼权利。
- 债务人对债权表记载的债权有异议时，可向受理破产申请的法院提起诉讼，以确认债权情况。
诉讼限制：
- 破产申请受理后，禁止个别债权人提起旨在个别清偿的诉讼。这是为了保障全体债权人的公平受偿权，避免个别债权人通过诉讼优先受偿。
四、诉讼流程与执行
诉讼流程：
- 立案：确定管辖法院后，准备并提交起诉状及证据材料，缴纳诉讼费。
- 审理：法院受理案件后，向被告送达起诉状副本等材料；双方进行证据交换，开庭审理；法院查明事实后作出判决。
- 判决与执行：若原告胜诉且被告不主动履行判决，原告可向法院申请强制执行。在破产情况下，执行需遵循破产财产分配规则，按法定顺序清偿债权。
执行程序的处理：
- 破产申请受理后，有关债务人财产的保全措施应解除，执行程序应中止。这是为了保障全体债权人的利益，避免个别债权人优先受偿。
- 当债务人被宣告破产后，执行程序终结，相关财产并入破产财产用于分配。若债务人未被宣告破产，破产程序终结后，执行程序可恢复进行。
五、特殊情况处理
- 破产申请的撤回：破产申请一旦被受理，即进入法定破产程序，通常不能随意撤回。但在极特殊情况下，如存在重大误解或其他法定事由，并经人民法院准许，可能会允许撤回破产申请。这需经过严格审查并符合法定条件。
综上所述，针对正在破产的企业提起诉讼，必须严格遵守相关法律法规，充分考虑破产程序的特殊性及其对诉讼程序的影响。通过合法的诉讼途径维护自身权益的同时，也应尊重并遵守破产法的公平原则，确保全体债权人的合法权益得到妥善保护。希望这些解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。