您好，关于您提出的“医院的门槛费是否合法”这一问题，我可以为您详细解答。
首先，医院的“门槛费”，在医保政策中通常被称为“起付线”。这是医保基金的一个起付标准，意味着参保人在发生医疗费用后，需要首先自付一定额度的医疗费用，超出这个额度的费用才会被纳入医保基金的报销范围。
起付线的设置是合法的，并且有其明确的目的和意义：
降低医保基金负担：医保基金的基本原则是以收定支、收支平衡、略有结余。通过设置起付线，可以让参保人适当负担一部分医疗费用，从而减轻医保基金的支付压力，确保医保制度的可持续运行。
增强费用意识：起付线的设置可以促使参保人更加理性地使用医疗资源，避免不必要的医疗消费，提高费用意识。
约束浪费行为：起付线可以在一定程度上约束门诊挤住院、小病大养等浪费医疗费的行为，确保医疗资源的合理利用。
集中资源救大病：起付线能够节约下来的资源，可以用于救治更有需要的群体，特别是那些患有重大疾病、需要高额医疗费用的患者，从而扩大医保的覆盖面。
关于不同级别医院起付线不同的原因：
这主要是为了引导病人尽可能选择在基层医疗机构就医，提高基层医疗资源的利用率。通常，一级及以下医疗机构的起付线较低，而三级医疗机构的起付线较高。这样的设置可以鼓励参保人在病情较轻时选择基层医疗机构就诊，从而减轻大型医院的就诊压力，实现医疗资源的合理分配。
具体到您的情况：
如果您是慢性病或特殊慢性病患者，起付线通常是一个自然年度内累计的，一年只需支付一次，并非每次门诊就诊都收取。起付线的扣取是按照医保政策规定，由医保系统自动进行的，属于合规行为。
综上所述，医院的门槛费（即起付线）是合法的，并且有其合理性和必要性。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或疑虑，欢迎随时向我提问。