农民工工资保证金应由施工总承包单位来缴纳，这是为了确保农民工的合法权益，避免因施工单位拖欠或无法支付工资而损害农民工的利益。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律依据与缴纳主体

根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》（人社部发〔2021〕65号）以及《保障农民工工资支付条例》的相关规定，农民工工资保证金是指工程建设领域施工总承包单位在银行设立账户并按照工程施工合同额的一定比例存储的专项资金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。缴纳主体明确为施工总承包单位，这是施工总承包单位在工程项目开工前的法定义务。

二、特殊情形的处理

1. 分包单位替代缴纳：

   • 在特定情况下，如施工总承包单位所承包工程发生转包、违法分包，导致拖欠农民工工资的，分包单位在承诺代施工总承包单位先行缴纳工资保证金的情况下，可以被允许替代缴纳。但此情况下，缴纳主体的法律责任仍归属于施工总承包单位。

2. 建设单位代扣：

   • 建设单位与施工总承包单位也可在工程施工合同中约定，由建设单位从应付工程款中代扣代缴存工资保证金。这种安排便于资金的管理和监控，但缴纳主体的法律责任同样归属于施工总承包单位。

三、缴纳比例与方式

1. 缴纳比例：

   • 合同额300万元以下，按合同额的2%缴存。
   • 合同额300万元及以上，按合同额的3%缴存（但需注意，一般规定中原则上不低于1%，不超过3%，具体以当地政策为准）。
   • 对于差异化存储，如多项目在建可适当下浮，但不得低于0.5%；连续2年无拖欠，新增工程降低50%存储；连续3年无拖欠且管理规范，可免缴；发生拖欠后1年内，按不低于3%存储。

2. 缴纳方式：

   • 施工总承包单位可以选择现金存储或银行保函替代，保函金额不得低于应存保证金数额。

四、未按规定缴存的后果

若施工总承包单位未能按规定缴存农民工工资保证金，相关部门将依法采取一系列措施，包括但不限于责令限期改正、罚款等，以确保制度的严格执行和农民工权益的有效保护。

五、实际指导意义与建议

农民工工资保证金制度是保障农民工合法权益的重要措施之一。施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，按时足额缴存保证金。同时，建议相关部门加强监管力度，确保制度的落实和执行。对于农民工而言，了解这一制度也有助于维护自身的合法权益。

在实际操作中，如果施工总承包单位对缴纳农民工工资保证金有疑问或遇到困难，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。