结论：客运站是否有权罚款需分情况讨论，若其依据内部管理规定且程序合法则可能合理，但若超出法定权限或程序违法则不合理。

1. 交警处罚与客运站罚款的性质不同
   交警对客车超员的处罚属于行政处罚，依据《道路交通安全法》等法律法规，针对的是超员行为对公共安全的危害。而客运站作为企业，若对超员车辆进行罚款，需基于其内部管理规定（如《安全生产管理制度》《客运站场管理规范》等），且该规定需符合法律法规授权。若客运站无明确法律依据或超越权限罚款，则可能涉嫌违法。

2. 客运站罚款的合理性条件

   • 合法性前提：客运站需证明其罚款依据（如内部规定）已通过合法程序制定（如职工代表大会审议、公示等），且内容不违反《行政处罚法》中“禁止企业行使行政处罚权”的原则。
     
   • 程序合法性：罚款需遵循内部程序，如告知违规事实、听取陈述申辩、出具书面处罚决定等。若程序缺失，可能因“程序违法”被撤销。
     
   • 金额合理性：罚款金额需与违规情节相当，若明显过高（如超过实际损失或行业惯例），可能被认定为“显失公平”。

3. 常见不合理情形

   • 重复处罚：若交警已对超员行为处罚（如罚款、扣分），客运站再以同一事由罚款，可能违反“一事不再罚”原则（但需注意：交警处罚针对驾驶员，客运站处罚可能针对企业，主体不同可能不构成重复处罚）。
     
   • 无依据罚款：客运站未制定内部规定，或规定未公示，直接罚款属于“无法可依”。
     
   • 超越权限：客运站无权对驾驶员个人罚款，只能对企业（如承包方）进行内部管理处罚。

4. 建议处理方式

   • 核实依据：要求客运站出示罚款的书面依据（如内部规定条款、处罚决定书），确认其合法性。
     
   • 协商解决：若罚款金额较小且程序基本合法，可尝试与客运站协商减免或分期缴纳。
     
   • 投诉或诉讼：若认为罚款违法，可向当地交通运输主管部门投诉，或通过行政诉讼主张权利（如请求撤销罚款决定）。

提示：若您能提供客运站罚款的具体依据（如内部规定条款、罚款金额、处罚对象等），我可进一步分析其合法性，并给出针对性建议。