施工单位桩基资料交甲方后丢失，可按以下方式处理：

1. 立即沟通并确认丢失情况
   施工单位应第一时间与甲方取得联系，详细了解资料丢失的具体情况，包括丢失的资料内容、丢失时间、可能的原因等。这一步至关重要，有助于后续明确责任归属和采取补救措施。

2. 分析责任归属

   • 若因甲方保管不善导致丢失：根据《民法典》中关于保管合同的规定，甲方作为保管人，有义务妥善保管施工单位交付的资料。若因甲方过错导致资料丢失，甲方应承担相应的赔偿责任。施工单位可要求甲方恢复原状（如重新整理资料）或赔偿因资料丢失造成的直接经济损失（如重新制作资料的费用、因延误工期产生的损失等）。
     
   • 若因不可抗力或第三方原因导致丢失：如自然灾害、盗窃等不可抗力因素，或第三方（如物流公司、无关人员）的过错导致资料丢失，施工单位和甲方可根据实际情况协商分担损失，或向第三方追偿。
     
   • 若双方均无过错：如资料在交接过程中因意外情况丢失，且双方均无过错，施工单位和甲方可协商解决，如共同承担重新整理资料的费用或延长工期等。

3. 采取补救措施

   • 重新整理资料：施工单位应尽快组织人员重新整理桩基资料，确保资料的完整性和准确性。若原资料涉及第三方（如设计单位、监理单位），施工单位应及时与相关方沟通，获取必要的补充资料或证明文件。
     
   • 加强资料管理：施工单位和甲方应共同加强资料管理，建立完善的资料交接、保管和备份制度，避免类似情况再次发生。例如，可采用电子化备份、双重保管等方式提高资料的安全性。
     

4. 协商或诉讼解决争议

   • 协商解决：施工单位和甲方应优先通过协商解决争议，明确各自的责任和义务，达成书面协议。协商解决具有效率高、成本低的优势，有助于维护双方的合作关系。
     
   • 诉讼解决：若协商无果，施工单位可根据实际情况向法院提起诉讼，要求甲方承担赔偿责任。在诉讼过程中，施工单位应提供充分的证据证明资料丢失的事实、损失的范围以及甲方的过错等。

5. 预防措施与建议

   • 完善交接手续：施工单位在交付资料时，应要求甲方签收并确认资料的完整性和准确性。交接手续应详细记录资料的名称、数量、交接时间、交接人员等信息，以便后续查证。
     
   • 建立备份制度：施工单位应建立资料的备份制度，对重要资料进行电子化备份或双重保管。这样即使原始资料丢失，也能迅速恢复，减少损失。
     
   • 加强沟通与协作：施工单位和甲方应加强沟通与协作，共同关注资料的安全问题。在资料交接、保管和使用过程中，双方应及时沟通、互相配合，确保资料的完整性和安全性。

温馨提示：在处理此类问题时，施工单位应保持冷静、理性，通过合法途径维护自身权益。如有需要，可随时向我咨询相关法律问题。