当甲方资料出现缺失时，档案馆的处理方式会依据具体情况和相关规定来灵活进行，以下是一个清晰、详细且具有深度的解答：

首先，档案馆在接收甲方资料时，会进行严格的审核和检查。如果发现资料有缺失，档案馆会立即与甲方进行沟通，明确告知缺失的具体内容、可能的影响以及需要补充的资料清单。这一步骤至关重要，它确保了双方对缺失情况有清晰的认识，并为后续的处理工作奠定了基础。

接下来，档案馆会根据缺失资料的性质和重要性，以及甲方的实际情况，采取不同的处理方式。一种常见且有效的方式是“容缺受理”，这类似于陕西省商洛市档案局推行的档案审批服务模式。在这种模式下，如果甲方具备基本条件且主要申报材料齐全，只是次要条件或手续有所欠缺，档案馆可以在甲方作出相应承诺后，先予受理并按有关程序办理。同时，档案馆会一次性告知甲方需要补正的材料、时限和超期补正的处理办法。这种方式既保证了档案工作的连续性和效率，又给予了甲方一定的灵活性和时间来补充缺失的资料。

当然，如果缺失的资料对档案的完整性、准确性或安全性有重大影响，或者甲方无法在承诺时间内补齐补正资料，档案馆可能会采取更为严格的措施。例如，档案馆可能会要求甲方暂停提交资料，直到所有缺失的资料都得到补充和完善；或者，在极端情况下，档案馆可能会拒绝接收甲方的资料，并建议甲方重新整理和完善后再进行提交。

此外，档案馆还会建立健全的容缺受理信息记录、数据统计和档案留存等工作流程。这些流程不仅有助于档案馆对容缺受理情况进行跟踪和管理，还能为未来的档案工作提供宝贵的经验和参考。

综上所述，当甲方资料有缺失时，档案馆会根据具体情况采取灵活多样的处理方式。无论是通过“容缺受理”给予甲方一定的灵活性和时间，还是采取更为严格的措施确保档案的完整性和准确性，档案馆都会以专业、严谨的态度来处理这一问题，并确保档案工作的顺利进行。