结论：在二审上诉过程中发现一审时未提出的管辖协议，这确实是一个复杂的情况。不过，别担心，我们可以根据不同情况来具体分析和处理。
分析处理情况：
管辖协议的有效性：
- 首先，需要确认这份管辖协议是否真实有效。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，有效的管辖协议应当明确约定争议解决的法院，并且不违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 如果管辖协议有效，那么它将成为确定案件管辖权的重要依据。
二审中的处理方式：
- 如果管辖协议对一审法院有管辖权：
- 既然一审法院已经受理了案件，并且你（或你的当事人）在二审中才发现管辖协议，那么从程序效率的角度考虑，二审法院可能会维持一审法院的管辖权，继续审理案件。
- 但这并不意味着管辖协议没有作用，它可以在后续的诉讼过程中，作为双方争议解决方式的一个重要参考。
- 如果管辖协议对一审法院无管辖权：
- 在这种情况下，你可以向二审法院提出管辖权异议的申请，说明一审法院受理案件违反了管辖协议的规定。
- 二审法院会审查这份管辖协议的有效性以及是否违反了级别管辖和专属管辖的规定。如果确认管辖协议有效且一审法院确实无管辖权，二审法院可能会裁定撤销一审判决，并将案件移送至有管辖权的法院审理。
实际操作建议：
- 及时提出异议：一旦在二审中发现管辖协议，应尽快向二审法院提出书面异议，并附上管辖协议的复印件作为证据。
- 准备充分证据：除了管辖协议外，还应准备其他相关证据来支持你的异议申请，如合同文本、往来函件等，以证明管辖协议的真实性和有效性。
- 关注二审进展：在提出异议后，应密切关注二审法院的审理进展，及时了解法院对管辖权异议的处理结果。
后续行动建议：
- 如果二审法院维持了一审法院的管辖权，并且你（或你的当事人）认为这仍然存在问题，你可以考虑在判决生效后，通过申请再审等法律途径来寻求救济。
- 如果二审法院裁定撤销了一审判决，并将案件移送至有管辖权的法院审理，那么你需要做好在新法院继续诉讼的准备，包括重新提交证据、参加庭审等。
总结与提醒：
在处理这类涉及管辖权异议的案件时，关键在于及时、准确地提出异议，并准备充分的证据来支持你的主张。同时，也要密切关注法院的审理进展，以便及时调整诉讼策略。如果你在处理过程中遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。