结论前置：公司罚款是否合法，关键在于罚款的依据、程序以及罚款的性质和目的。一般来说，公司无权自行设定罚款制度对员工进行经济处罚，这种罚款通常是违法的；但如果罚款是基于法律法规的明确规定，或者是在特定合同、协议中有明确约定且符合法律规定的，那么这种罚款可能是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 公司自行设定罚款制度对员工进行经济处罚的违法性

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。然而，这些法律并未赋予用人单位对员工进行经济处罚的权力。
   • 罚款性质：公司自行设定的罚款制度，往往缺乏明确的法律依据，且可能侵犯员工的财产权。这种罚款通常被视为对员工的不当处罚，不符合劳动法的立法精神。
   • 程序问题：即使公司内部有罚款制度，但如果该制度未经民主程序制定、未公示或未告知员工，或者罚款程序不合法（如未听取员工申辩、未给予员工复议机会等），那么这种罚款也是违法的。

2. 基于法律法规或合同协议约定的合法罚款

   • 法律法规依据：在某些特定情况下，法律法规可能明确规定了对某些违法行为的罚款。例如，税务法规可能规定对偷税漏税行为的罚款，环保法规可能规定对污染环境的罚款等。如果公司作为行政机关的代理人或执行者，依据这些法律法规对员工进行罚款，那么这种罚款是合法的。
   • 合同协议约定：在劳动合同或公司规章制度中，如果明确约定了某些违规行为的罚款条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，不侵犯员工的合法权益，且经过了民主程序制定、公示或告知员工，那么这种罚款也可能是合法的。但需要注意的是，即使合同协议中有约定，罚款的数额也应当合理，不能过分高于员工因违规行为所造成的损失。

3. 特殊情况下的合法罚款

   • 员工造成公司损失：如果员工因故意或重大过失给公司造成了经济损失，公司有权要求员工赔偿。在这种情况下，公司可以从员工的工资中扣除一定数额作为赔偿，但这并非罚款，而是赔偿。且扣除的数额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 特定行业或岗位的特殊规定：在某些特定行业或岗位中，可能存在一些特殊的罚款规定。例如，在金融行业中，对于违反交易规则的行为可能设有罚款；在交通运输行业中，对于违反安全规定的行为也可能设有罚款。但这些罚款规定必须基于法律法规的明确授权或行业惯例，并且符合公平、合理的原则。

建议：作为员工，如果对公司罚款的合法性有疑问，应当首先查阅相关的法律法规、劳动合同和公司规章制度，了解罚款的依据和程序。如果认为罚款不合法或不合理，可以向公司提出异议或申诉，甚至寻求法律援助或提起劳动争议仲裁。作为公司，应当严格遵守法律法规的规定，不得自行设定罚款制度对员工进行经济处罚。如果需要设立罚款条款，应当确保条款的合法性、合理性和公平性，并经过民主程序制定、公示或告知员工。