运烟超过50条的处罚需结合运输主体、运输行为性质及是否取得合法许可综合判断，具体处罚如下：

1. 无烟草专卖品准运证运输（非法运输）
   根据《中华人民共和国烟草专卖法》第二十一条及《烟草专卖法实施条例》第五十二条，未取得烟草专卖品准运证运输烟草专卖品（包括卷烟）超过50条的，由烟草专卖行政主管部门没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。

   • 若同时存在“利用伪装运输”“通过非正常渠道运输”“抗拒检查”等情节，可处以违法运输的烟草专卖品价值20%以上50%以下的罚款；
     
   • 若运输的卷烟价值超过5万元或运输数量超过200条，可能构成《刑法》第二百二十五条规定的“非法经营罪”，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

2. 有烟草专卖品准运证但超量运输（违规运输）
   若运输主体已取得准运证，但实际运输数量超过准运证规定的数量（如准运证允许运输40条，实际运输50条），烟草专卖行政主管部门可责令改正，并处以警告或罚款；

   • 若超量部分属于“情节严重”（如多次超量、超量比例较大），可能面临暂停烟草专卖业务、进行整顿，直至吊销烟草专卖零售许可证的处罚。

3. 特殊主体运输（如个人自用）
   个人跨地市携带卷烟的最高限量为50条（依据《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》）。若超过50条且未向烟草专卖局申领携带证，烟草专卖行政主管部门可没收超量部分卷烟；

   • 若以营利为目的（如帮他人代购、运输后销售），则可能被认定为“无证运输”，按上述非法运输处罚。

建议：

• 运输前确认是否需办理准运证或携带证，严格按许可范围运输；
  
• 若因特殊情况需超量运输，提前向当地烟草专卖局申请补办手续；
  
• 已因超量运输被处罚的，可结合具体情节（如是否初犯、是否主动配合调查）申请从轻处理。
  

如有进一步细节（如运输主体、目的、是否被查获等），可向我补充说明，我会为您分析具体风险。