结论：家庭财产公证后，后面又订立了新协议，新协议是否有效及如何处理，需根据新协议的内容、订立目的及双方意愿等因素综合判断。
详细分析：
新协议与公证财产的关系：
- 如果新协议是对公证财产的进一步明确、细化或补充，且双方均同意并签署，那么新协议通常会被视为对原公证内容的补充或修改，具有法律效力。例如，原公证中仅列明了某房产为共同财产，新协议中则明确了该房产的分割方式或使用权限，这样的新协议是有效的。
- 如果新协议与公证财产的内容存在冲突或矛盾，那么需要分析新协议的订立目的和双方的真实意愿。如果新协议是为了纠正原公证中的错误或遗漏，且双方均同意，那么新协议可能被视为对原公证的修正，具有法律效力。但如果新协议是出于一方恶意转移财产或逃避债务等目的而订立，那么该新协议可能因违反法律法规或公序良俗而被认定为无效。
新协议的订立程序：
- 新协议的订立应当遵循自愿、公平、诚实信用的原则，双方应当充分协商并达成一致意见。如果新协议是在一方胁迫、欺诈或乘人之危的情况下订立的，那么该新协议可能因违反自愿原则而被认定为无效。
- 新协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。如果新协议涉及重大财产权益的变更或处分，建议双方再次进行公证，以增强其法律效力。
新协议与原公证的效力对比：
- 公证是一种具有法律效力的证明方式，它能够证明协议的真实性和合法性。然而，公证并不是协议生效的唯一条件，协议本身的内容、订立程序等也是影响其效力的关键因素。
- 如果新协议在内容、订立程序等方面均符合法律法规的规定，且双方均同意并签署，那么新协议即使未经公证，也可能具有法律效力。当然，如果新协议与原公证内容存在冲突或矛盾，且双方无法达成一致意见，那么可能需要通过法律途径来解决争议。
建议：
- 在订立新协议前，建议双方充分沟通并明确各自的权利和义务，确保新协议的内容合法、合理且符合双方的意愿。
- 如果新协议涉及重大财产权益的变更或处分，建议双方再次进行公证，以增强其法律效力并减少后续争议的可能性。
- 如果双方对新协议的效力或内容存在争议，建议及时咨询专业律师并寻求法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
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