结论：商铺租赁合同经过双方修改并盖章后，只要合同内容合法有效且符合工商登记要求，一般可以用于办理营业执照，但具体能否办理成功还需结合当地工商部门的要求和实际情况判断。以下从不同角度详细说明：

合同修改与盖章的法律效力

1. 合同修改的合法性
   根据《民法典》第五百四十三条，合同双方协商一致可以变更合同内容。只要修改后的条款不违反法律、行政法规的强制性规定（如不得从事违法经营、不得违反消防安全要求等），且不损害国家、集体或第三人利益，修改后的合同即具有法律效力。
   示例：若原合同禁止转租，双方协商后修改为允许转租并盖章，该条款合法有效。

2. 盖章的效力
   双方盖章（或签字）是合同成立的法定要件之一。修改后的合同经双方盖章后，视为对修改内容的认可，合同整体生效。此时，修改后的合同可作为办理营业执照的权属证明文件之一。

办理营业执照的核心要求

工商部门在审核营业执照申请时，主要关注以下内容，合同修改需围绕这些要求展开：

1. 产权证明或租赁合同

   • 需提供商铺的产权证明（如房产证）或合法有效的租赁合同。
     
   • 修改后的合同需明确租赁期限、用途（如“商业用途”）、地址等信息，且与产权证明一致。
     注意：若合同修改涉及地址变更，需同步更新产权证明或提供相关证明文件。

2. 经营用途的合法性

   • 合同中约定的经营用途需符合商铺的规划用途（如住宅用途的商铺不得从事餐饮、娱乐等可能扰民的行业）。
     
   • 若修改后的合同增加了特殊经营项目（如食品销售），需额外提供相关许可证（如《食品经营许可证》）。

3. 工商部门的其他要求

   • 部分地区可能要求租赁合同需经过备案（如房屋租赁备案证明）。
     
   • 若合同修改涉及租金支付方式、违约责任等条款，虽不影响营业执照办理，但需确保条款公平合理，避免后续纠纷。

实务中的常见问题

1. 合同修改未盖章或单方盖章

   • 若仅一方盖章，合同未成立，工商部门可能不予认可。
     
   • 建议：修改后务必由双方盖章确认，并保留修改痕迹（如手写修改处双方签字）。

2. 合同内容与实际不符

   • 若合同中填写的商铺地址、面积等信息与实际不符，工商部门可能要求补充材料或拒绝办理。
     
   • 建议：修改合同后核对产权证明，确保信息一致。

3. 特殊行业需额外材料

   • 如经营网吧、培训机构等，需提供消防验收合格证明、环保审批文件等，仅修改合同无法满足要求。

操作建议

1. 修改前核对工商要求
   提前咨询当地工商部门，了解对租赁合同的具体要求（如是否需要备案、是否需注明经营项目等），针对性修改合同。

2. 保留修改痕迹
   若合同为手写修改，建议双方在修改处签字并注明日期；若为打印修改，可附《补充协议》并盖章。

3. 同步准备其他材料
   除合同外，还需准备身份证、产权证明、申请书等材料，确保一次性通过审核。

总结：修改并盖章后的商铺租赁合同，只要内容合法、信息准确且符合工商要求，即可用于办理营业执照。若您在合同修改或办理过程中遇到具体问题（如条款合法性、工商审核不通过等），可直接向我咨询，我会结合您所在地区的政策提供详细解答。