针对企业员工骑电动车闯红灯这一行为，我们可以从多个层面来进行分析和处理：

一、法律法规层面

根据相关交通法规，闯红灯是一种严重的交通违法行为，不仅危及自身安全，也可能对其他道路使用者造成威胁。对于电动自行车闯红灯的行为，交警部门会依法进行处罚，这通常包括罚款、警告等措施。具体到不同地区，如福州和广州，都有明确的处罚标准和规定。例如，在福州，根据新修订的《福建省非机动车管理办法》，闯红灯等违法行为可能会面临警告或20元至50元不等的罚款。

二、企业责任层面

对于使用非机动车（如电动自行车）从事快递、配送、外卖等经营活动的企业，它们承担着更严格的主体责任。这些企业应当：

1. 将非机动车管理纳入安全生产规章制度，明确安全责任人，确保员工遵守交通法规。
2. 建立健全非机动车驾驶人及非机动车管理台账，组织驾驶人开展交通安全培训，提高员工的交通安全意识。
3. 不得安排存在安全隐患的人员驾驶非机动车，如患有妨碍安全驾驶疾病的人员。
4. 做好非机动车的维护、保养等安全检查工作，确保车辆性能良好。

三、具体处理措施

1. 内部处理：企业一旦发现员工骑电动车闯红灯，应首先进行内部调查，了解具体情况，并根据企业规章制度进行相应处理，如警告、罚款、停职等。同时，企业应加强对员工的交通安全教育，提高员工的法律意识和安全意识。

2. 配合交警部门处理：如果交警部门已经对员工进行了处罚，企业应积极配合交警部门的工作，如提供相关证据、协助调查等。同时，企业可以借此机会加强员工的交通安全教育，防止类似事件再次发生。

3. 线上处理：在一些地区，如广州，电动自行车交通违法可以线上处理。企业可以引导员工通过线上平台处理交通违法记录，提高处理效率，减少不必要的麻烦。

四、预防措施

为了避免企业员工骑电动车闯红灯等违法行为的发生，企业可以采取以下预防措施：

1. 加强交通安全宣传教育，定期组织员工参加交通安全培训，提高员工的交通安全意识。
2. 建立健全非机动车管理制度，明确车辆使用、维护、保养等要求，确保车辆性能良好。
3. 加强对员工的监督和管理，如通过安装GPS定位系统等方式，实时掌握员工的行驶轨迹和速度，及时发现并纠正违法行为。

综上所述，企业员工骑电动车闯红灯是一种严重的交通违法行为，企业应承担起相应的主体责任，加强内部管理，配合交警部门处理违法行为，并采取有效措施预防类似事件的发生。