结论：在申请执行期间内只申请执行部分款项，过2年后是否能申请执行其余款项，这主要取决于是否超过了法律规定的申请执行时效期间，以及是否存在时效中断或中止的情形。以下是对此问题的详细分析：

一、申请执行时效期间的一般规定

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。这意味着，如果债权人在二年内未申请执行全部款项，且不存在时效中断或中止的情形，那么超过二年后，债权人可能丧失对未执行部分款项的申请执行权。

二、时效中断或中止的情形

1. 时效中断：在申请执行时效期间的最后六个月内，如果因债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务、债权人申请仲裁或提起诉讼等情形，导致申请执行时效中断，那么从中断时起，申请执行时效期间将重新计算。这意味着，如果债权人在二年内的最后六个月内采取了上述行动，且之后继续采取积极措施（如再次申请执行、提起诉讼等），那么可能不会因超过二年而丧失申请执行权。

2. 时效中止：在申请执行时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，申请执行时效中止。从中止时效的原因消除之日起，申请执行时效期间继续计算。这意味着，如果债权人因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他障碍（如债务人下落不明、债权人丧失民事行为能力等）无法在二年内申请执行全部款项，且这些障碍在二年内的最后六个月内出现并持续存在，那么债权人可能不会因超过二年而丧失申请执行权。

三、具体情境下的分析

1. 如果二年内未申请执行全部款项，且不存在时效中断或中止的情形：

   • 在这种情况下，债权人可能丧失对未执行部分款项的申请执行权。因为根据法律规定，申请执行的期间为二年，且不存在可以延长或重新计算时效的情形。

2. 如果二年内申请执行了部分款项，且存在时效中断或中止的情形：

   • 在这种情况下，债权人可能仍然有权申请执行其余款项。因为时效的中断或中止可能导致申请执行时效期间的重新计算或继续计算，从而为债权人提供了更多的时间来申请执行全部款项。

四、建议

1. 及时申请执行：为了避免因超过申请执行时效期间而丧失权利，债权人应在知道或应当知道权利被侵害之日起二年内及时申请执行全部款项。

2. 关注时效中断或中止的情形：如果债权人在二年内无法申请执行全部款项，应密切关注是否存在时效中断或中止的情形，并及时采取相应措施（如向债务人提出履行请求、申请仲裁或提起诉讼等）以中断或中止时效。

3. 咨询专业律师：如果债权人对申请执行时效期间、时效中断或中止等法律问题存在疑问或不确定，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。

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