行政机关铲除苗木后，一般不能直接按民事赔偿处理，而是可能涉及行政赔偿。以下从不同角度为你详细分析：

行政赔偿的适用情形

如果行政机关铲除苗木的行为被认定为违法行政行为，那么根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，行政机关应当承担行政赔偿责任。例如，行政机关在没有合法依据（如没有取得合法的征收、征用手续，或者没有按照法定程序进行）的情况下，擅自铲除公民、法人或其他组织合法种植的苗木，就属于违法行政行为，受害人有权要求行政机关进行赔偿。赔偿的范围通常包括苗木本身的价值、因铲除行为导致的直接经济损失等。

民事赔偿不直接适用的原因

民事赔偿通常适用于平等民事主体之间因侵权行为或违约行为而产生的损害赔偿。在行政机关铲除苗木的情境中，行政机关与苗木所有者之间并非平等的民事主体关系，而是行政管理与被管理的关系。因此，一般情况下，不能直接按照民事赔偿的程序和标准来处理。不过，如果行政机关的铲除行为是基于与苗木所有者之间的民事合同（如土地租赁合同中的约定），且该行为符合合同约定和法律规定，但后续因合同履行等问题产生争议，此时可能涉及民事赔偿，但这与单纯的行政机关违法铲除苗木是不同的情形。

特殊情况下的处理

在某些特殊情况下，可能存在行政赔偿与民事赔偿的竞合或交叉。比如，行政机关在铲除苗木过程中，不仅实施了违法的行政行为，还因过失或故意造成了苗木所有者其他民事权益的损害（如损坏周边设施、造成人身伤害等），此时除了行政机关应承担行政赔偿责任外，如果存在其他民事侵权主体（如行政机关委托的第三方施工队伍存在过错），苗木所有者也可能依据民事法律向相关民事主体主张民事赔偿。但这种情况相对复杂，需要具体分析各方的行为和责任。

建议

如果遇到行政机关铲除苗木的情况，建议你：

1. 及时收集证据：包括苗木的种植情况、价值证明（如购买发票、评估报告等）、行政机关铲除行为的证据（如照片、视频、现场目击者证言等）以及行政机关作出相关行为的法律文书（如决定书、通知书等）。
2. 确认行政行为的合法性：通过申请行政复议或提起行政诉讼等方式，确认行政机关铲除苗木的行为是否合法。如果行为违法，再进一步主张行政赔偿。
3. 咨询专业意见：由于行政赔偿和民事赔偿的界限及适用情形较为复杂，建议你直接向我咨询，以便更准确地分析你的具体情况，并为你提供专业的法律建议和维权方案。