结论：单位误把医师执业证注销了，注册年限是否受影响需分情况讨论，但总体来说，只要及时采取补救措施，通常不会对医师的注册年限造成实质性影响。以下从不同角度进行详细分析：
医师执业证注销的法律后果：
- 医师执业证是医师合法执业的凭证，一旦被注销，医师将暂时失去合法执业的资格。
- 注销可能是由于多种原因，包括但不限于医师主动申请、单位误操作、行政处罚等。在单位误操作的情况下，医师并非主动放弃执业资格，因此，这种注销通常是可以补救的。
注册年限的计算与影响：
- 医师的注册年限通常是从其首次注册成功之日起开始计算，用于衡量医师的执业经验和资质。
- 如果单位误将医师执业证注销，但医师及时发现了这一问题，并采取了补救措施（如向相关部门申请恢复注册），那么，在恢复注册后，医师的注册年限通常会继续计算，不会因注销而中断。
- 然而，如果医师未能及时发现注销问题，或者虽然发现了但未能及时采取补救措施，导致注册中断时间较长，那么，这可能会对医师的注册年限产生一定影响，具体取决于中断的时间长度和当地卫生行政部门的规定。
补救措施与建议：
- 及时沟通：医师一旦发现执业证被误注销，应立即与单位沟通，了解注销的具体原因，并要求单位协助办理恢复注册手续。
- 提交申请：向当地卫生行政部门提交恢复注册的申请，并提供相关证明材料（如原执业证、身份证明、单位证明等）。
- 关注进度：在申请恢复注册的过程中，医师应密切关注申请进度，确保申请能够及时得到处理。
- 法律咨询：如果医师在补救过程中遇到任何法律问题或困难，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
特殊情况下的处理：
- 如果注销是由于行政处罚等原因导致的，那么，医师在恢复注册前可能需要先解决相关的行政处罚问题。
- 在某些特殊情况下，如医师因涉嫌犯罪被注销执业证，那么，在刑事案件处理完毕后，医师需要根据案件结果和当地卫生行政部门的规定来决定是否能够恢复注册。
总结与建议：单位误将医师执业证注销通常不会对医师的注册年限造成实质性影响，但医师需要及时发现并采取补救措施。在补救过程中，医师应与单位、卫生行政部门保持密切沟通，确保申请能够及时得到处理。如果遇到任何法律问题或困难，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。