科室与病人就医疗纠纷达成的协议，在符合法定条件的情况下，是具有法律效力的。以下从多个角度为您详细分析：
一、协议的法律效力基础
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权根据自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。科室与病人就医疗纠纷达成的协议，本质上是一种民事合同，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议就具有法律效力。
协议内容合法性：协议内容必须合法，即不得包含违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗的条款。例如，协议中不得约定免除医疗机构因故意或重大过失造成患者人身损害的责任，这样的条款是无效的。
二、协议生效的条件
双方意思表示真实：科室与病人在签订协议时，必须确保双方的意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在重大误解或显失公平的情况，该协议可能被撤销或变更。
协议形式合法：虽然医疗纠纷协议不一定需要采用书面形式，但为了证明协议的存在和内容，建议采用书面形式签订。书面协议可以明确双方的权利和义务，减少纠纷的发生。
协议内容明确具体：协议内容应当明确具体，包括纠纷的事实、责任划分、赔偿金额、支付方式等。如果协议内容模糊不清或存在歧义，可能导致协议无法履行或产生新的纠纷。
三、协议的法律后果
约束双方行为：一旦协议生效，就具有法律约束力，双方必须按照协议的约定履行各自的义务。如果一方不履行协议义务，另一方有权要求其承担违约责任。
排除诉讼或仲裁：在协议有效的情况下，双方通常不得再就同一纠纷向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。这有助于减少司法资源的浪费，促进纠纷的快速解决。
四、特殊情况下的协议效力
涉及医疗事故的情形：如果医疗纠纷涉及医疗事故，且医疗机构在事故中存在过错，那么双方达成的协议可能受到医疗事故处理相关法律法规的约束。在这种情况下，协议的内容必须符合医疗事故处理的规定，否则可能被认定为无效或部分无效。
患者属于限制民事行为能力人或无民事行为能力人的情形：如果患者属于限制民事行为能力人或无民事行为能力人，那么其法定代理人或监护人应当代表患者签订协议。如果未经法定代理人或监护人同意，患者自行签订的协议可能被认定为无效。
五、建议
在签订协议前咨询专业律师：由于医疗纠纷涉及复杂的法律问题和专业知识，建议在签订协议前咨询专业律师的意见。律师可以帮助您评估协议的法律效力和风险，确保您的权益得到充分保障。
保留相关证据：在签订协议前和协议履行过程中，建议保留好相关证据，如医疗记录、诊断证明、费用清单等。这些证据有助于证明纠纷的事实和责任划分，为协议的履行和纠纷的解决提供有力支持。
如果您在医疗纠纷协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。