摩托车在市区行驶是否会被罚款，需分情况讨论，具体如下：

1. 若摩托车符合当地通行规定
   若当地未对摩托车实施全面禁行或限行政策，且摩托车已依法办理注册登记、悬挂号牌，驾驶人持有有效驾驶证、佩戴安全头盔，未存在超速、闯红灯、逆行等违法行为，则不会被罚款。例如，部分城市允许摩托车在指定车道内行驶，只要遵守交通规则即可。

2. 若摩托车违反当地通行规定

   • 禁行/限行区域：若当地明确划定摩托车禁行或限行区域（如核心城区、特定路段），且摩托车违规驶入，则可能被罚款（通常罚款金额为20-200元，具体以地方规定为准），部分城市还会扣分或暂扣车辆。
     
   • 无牌无证或手续不全：若摩托车未注册登记、未悬挂号牌，或驾驶人未取得摩托车驾驶证（D/E证），则会被罚款并扣车，罚款金额可能高达200-2000元，甚至并处15日以下拘留。
     
   • 其他违法行为：即使摩托车在允许通行的区域行驶，若存在超速、酒驾、载人超员、未佩戴安全头盔等行为，仍会按对应交通法规处罚，例如未戴头盔可能罚款50元、扣1分。

建议：

• 提前通过当地交警部门官网、公众号或拨打12123查询摩托车通行政策，确认是否允许行驶及具体限行区域；
  
• 确保摩托车手续齐全（行驶证、号牌、保险等），驾驶人持有效驾驶证；
  
• 行驶时严格遵守交通规则，避免因违规行为被处罚。
  

若有进一步疑问（如具体城市政策、处罚细节等），可直接向我咨询。