结论：当发现协议一式三份中有一份与其他份不一样时，首先需要确认这份不一样的协议是否为各方真实意思的表示，以及是否存在欺诈、胁迫等情形。根据不同情况，可以采取不同的处理方式，包括但不限于重新签订协议、确认哪份协议为有效版本、通过法律途径解决争议等。

详细分析：

1. 确认协议差异的性质：

   • 内容差异：如果三份协议中的内容存在实质性差异，比如关键条款、权利义务分配等，那么需要进一步确认哪份协议是各方真实意思的表示。这可能需要通过审查签订协议时的沟通记录、会议纪要等辅助材料来辅助判断。
   • 形式差异：如果只是协议的形式（如字体、排版、纸张等）存在差异，而内容完全一致，那么这种差异通常不会影响协议的效力。

2. 处理方式：

   • 重新签订协议：如果确认存在内容差异，且无法确定哪份协议是各方真实意思的表示，或者各方对哪份协议有效存在争议，那么可以考虑重新签订一份新的协议，以明确各方的权利和义务。
   • 确认有效版本：如果通过审查辅助材料等方式，能够确认其中一份协议是各方真实意思的表示，且其他各方也认可该份协议的效力，那么可以确认该份协议为有效版本，其他版本则视为无效或作废。
   • 法律途径解决：如果各方无法就哪份协议有效达成一致意见，且无法通过协商、调解等方式解决争议，那么可以考虑通过法律途径（如诉讼、仲裁等）来解决争议。在法律程序中，法院或仲裁机构会根据相关法律法规和证据材料来判定哪份协议具有法律效力。

3. 法律建议：

   • 保留证据：在处理协议差异问题时，务必保留好所有与协议签订、履行相关的证据材料，如沟通记录、会议纪要、付款凭证等。这些证据材料在后续处理争议时可能会起到关键作用。
   • 及时沟通：发现协议差异后，应及时与其他各方进行沟通，明确各方的立场和意见，以便尽快找到解决方案。
   • 寻求专业帮助：如果对协议差异问题的处理存在疑问或困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 如果发现协议存在差异，首先保持冷静，不要急于采取行动。
• 仔细审查所有协议版本，确认差异的具体内容和性质。
• 与其他各方进行沟通，尝试通过协商、调解等方式解决争议。
• 如果无法达成一致意见，可以考虑寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。

在处理协议差异问题时，务必谨慎行事，确保自己的合法权益得到充分保护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。