解除劳动关系证明书并不一定都在档案里，这主要取决于用人单位的类型及其档案管理规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、国有企业、事业单位及政府机关

在国有企业、事业单位及政府机关中，人事管理通常较为规范和严格。员工离职后，单位一般会将解除劳动关系证明书等相关材料正式归入其人事档案。这是因为这些单位遵循完善的人事管理制度流程，解除劳动关系作为员工职业轨迹中的重要节点，相关材料自然成为档案的必要组成部分，用于全面、准确地记录员工的劳动关系状态和工作经历。

二、民营企业与外资企业

相较于前者，民营企业和外资企业在档案管理上的规范性可能稍显宽松。然而，许多建立了规范员工档案管理的企业，仍会将解除劳动关系证明书存入档案，以作备案。这些材料对于证明员工与企业劳动关系的结束具有重要意义。不过，也有部分民营企业因没有专门管理员工档案的能力或权限，而选择将员工档案存放在人才市场等第三方机构。在这种情况下，企业可能会将解除劳动关系证明书交给员工本人，由员工自行决定是否将其存入档案，或者协助员工将相关材料存入指定的档案管理机构。

三、档案留存的意义与法律效应

1. 对员工而言：解除劳动关系证明书是证明其工作经历、离职原因等情况的重要凭证。在未来求职时，新单位可能会通过查阅档案中的这些材料来了解员工的上一段工作情况。同时，在办理失业保险金领取、社保转移等手续时，这些材料也是必不可少的证明文件。
2. 对用人单位而言：将解除劳动关系证明书放入档案，不仅有助于规范企业的人事管理，还能有效避免后续可能出现的劳动纠纷等问题。即使解除劳动关系证明书未被放入档案，双方按照法律规定或合同约定解除劳动关系后，用人单位仍需为劳动者办理离职手续，并结清相关费用。而劳动者也应遵守相关规定，不得损害用人单位的合法权益。

四、建议与注意事项

1. 劳动者应妥善保管解除劳动关系证明书：无论该证明书是否被存入档案，劳动者都应妥善保管，避免遗失或损坏。因为这份证明在未来可能多次用到，如办理失业登记、领取失业保险金、入职新单位等。
2. 及时了解存档情况：劳动者在离职后，可以主动向原单位或人事档案管理部门了解自己的档案中是否存有解除劳动关系证明书。如果发现没有存档，可以及时与原单位沟通，要求补充存档。
3. 用人单位应依法出具并存档：用人单位应按照法律规定出具解除劳动关系证明书，并妥善存档，以确保劳动者的合法权益得到保障。

总结来说，解除劳动关系证明书是否会被存入档案，主要取决于具体的用人单位和档案管理规定。但无论如何，解除劳动关系的行为都具备法律效力，且应得到妥善处理和保管。如果您在解除劳动关系或档案管理方面遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。