二次笔录若存在非法取证情形或与案件事实不符，可通过申请非法证据排除或提出异议来排除其作为证据使用。具体分析如下：

1. 非法证据排除规则的应用
   根据《刑事诉讼法》第五十六条，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述，应当予以排除。若二次笔录是在侦查人员通过威胁、引诱、欺骗等非法手段下取得，或未保障犯罪嫌疑人休息权、饮食权等基本权利，可依法申请排除。例如，若笔录制作时间过长且未安排必要休息，可能构成疲劳审讯，此时需结合同步录音录像、入所体检记录等证据，证明取证程序违法。

2. 证据真实性、合法性、关联性的质疑

   • 真实性：若二次笔录内容与在案证据（如物证、证人证言、监控录像）存在矛盾，或存在逻辑漏洞（如时间、地点、人物关系描述不清），可主张其不能反映案件真实情况。
     
   • 合法性：除非法取证外，若笔录未由两名以上侦查人员制作、未告知诉讼权利、未核对签字或捺印，或存在代签、伪造情形，可质疑其合法性。
     
   • 关联性：若笔录内容与案件核心事实无关（如询问与犯罪无关的个人隐私），可主张其缺乏关联性，不应作为定案依据。

3. 程序性救济途径

   • 庭前会议申请：在开庭前，可向法院提交《非法证据排除申请书》，要求召开庭前会议审查笔录合法性，并提供线索（如同步录音录像缺失、身体伤痕照片等）。
     
   • 庭审质证阶段：在法庭调查环节，通过交叉询问侦查人员、出示反证（如同步录音录像与笔录内容不符）等方式，动摇笔录证明力。
     
   • 上诉或申诉：若一审未排除非法笔录，可在上诉或申诉阶段继续主张，并提供新证据（如其他嫌疑人供述印证笔录虚假）。

实务建议：

• 及时固定证据：发现笔录问题后，立即通过书面意见、录音录像等方式记录异议，避免证据灭失。
  
• 全面调取同步录音录像：对比笔录内容与录像，若存在“先供后录”（即先写好笔录再让嫌疑人照读）或诱导性提问，可作为非法证据排除的关键证据。
  
• 结合其他证据综合论证：若笔录是孤证，且与其他证据矛盾，可主张其不足以认定案件事实。
  

若您面临具体案件，可进一步提供笔录内容、取证程序细节等，我将结合证据规则为您制定针对性策略。